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- PDB-1tdj: THREONINE DEAMINASE (BIOSYNTHETIC) FROM E. COLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tdj
タイトルTHREONINE DEAMINASE (BIOSYNTHETIC) FROM E. COLI
要素BIOSYNTHETIC THREONINE DEAMINASE
キーワードALLOSTERY / COOPERATIVE / TETRAMER / REGULATION / PYRIDOXAL PHOSPHATE / ISOLEUCINE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


threonine ammonia-lyase / threonine deaminase activity / threonine metabolic process / branched-chain amino acid biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / amino acid binding / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Biosynthetic Threonine Deaminase; domain 3 / Biosynthetic Threonine Deaminase; Domain 3 / Threonine dehydratase, biosynthetic / Threonine dehydratase, ACT-like domain / Threonine dehydratase, ACT-like domain superfamily / C-terminal regulatory domain of Threonine dehydratase / ACT-like domain profile. / : / Serine/threonine dehydratase, pyridoxal-phosphate-binding site / Serine/threonine dehydratases pyridoxal-phosphate attachment site. ...Biosynthetic Threonine Deaminase; domain 3 / Biosynthetic Threonine Deaminase; Domain 3 / Threonine dehydratase, biosynthetic / Threonine dehydratase, ACT-like domain / Threonine dehydratase, ACT-like domain superfamily / C-terminal regulatory domain of Threonine dehydratase / ACT-like domain profile. / : / Serine/threonine dehydratase, pyridoxal-phosphate-binding site / Serine/threonine dehydratases pyridoxal-phosphate attachment site. / ACT-like domain / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / L-threonine dehydratase biosynthetic IlvA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Gallagher, D.T. / Gilliland, G.L. / Xiao, G. / Eisenstein, E.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Structure and control of pyridoxal phosphate dependent allosteric threonine deaminase.
著者: Gallagher, D.T. / Gilliland, G.L. / Xiao, G. / Zondlo, J. / Fisher, K.E. / Chinchilla, D. / Eisenstein, E.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Polymorphous Crystallization and Diffraction of Threonine Deaminase from Escherichia Coli
著者: Gallagher, D.T. / Eisenstein, E. / Fisher, K.E. / Zondlo, J. / Chinchilla, D. / Yu, H.D. / Dill, J. / Winborne, E. / Ducote, K. / Xiao, G. / Gilliland, G.L.
履歴
登録1998年3月27日処理サイト: BNL
改定 1.01998年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BIOSYNTHETIC THREONINE DEAMINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5102
ポリマ－56,2631
非ポリマー2471
水59433
1
A: BIOSYNTHETIC THREONINE DEAMINASE
ヘテロ分子

A: BIOSYNTHETIC THREONINE DEAMINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,0204
ポリマ－112,5262
非ポリマー4942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.100, 90.800, 162.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 BIOSYNTHETIC THREONINE DEAMINASE / THREONINE DEHYDRATASE


分子量: 56263.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SCHIFF BASE LINKAGE BETWEEN LYS 62 AND PLP / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 参照: UniProt: P04968, EC: 4.2.1.16
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: C-DOMAIN IMAGED BY IMR
結晶化pH: 8
詳細: PROTEIN AT 40 MG/ML WAS MIXED WITH, THEN EQUILIBRATED OVER 11% PEG 4K, 40 MM TRIS 8.0, 60 MM MGCL2, AT RT.
Temp details: room temp
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Gallagher, D.T., (1998) Acta Crystallogr.,Sect.D, 54, 467.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112 %PEG40001reservoir
240 mMTris1reservoir
370 mM1reservoirMgCl2
40.2 M1reservoirKCl
530 mg/mlprotain1drop
650 mMpotassium phosphate1drop
70.1 mMdithiothreitol1drop
80.1 mMethylene diamine tetraacetic acid1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年9月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→16 Å / Num. obs: 13860 / % possible obs: 78 % / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.7→2.86 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.197 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.372 / % possible all: 30

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
TNT5E精密化
XENGENデータ削減
XENGENデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8→16 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL V1.0 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
詳細: THE 61 ATOMS WITH B=100.0 MUST BE CONSIDERED TO BE MARGINALLY ORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.34 1009 7.5 %RANDOM SUBSET
Rwork0.2 ---
all0.21 13542 --
obs0.21 13542 86 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 150 Å2 / ksol: 0.56 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3800 0 15 33 3848
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0238910.8
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.952381.7
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d21.423300
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.018941
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0225783
X-RAY DIFFRACTIONt_it2.1387522
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.03213517
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg21.40
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.0181
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.0223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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