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万見
- PDB-1td9: Crystal Structure of a Phosphotransacetylase from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1td9
タイトルCrystal Structure of a Phosphotransacetylase from Bacillus subtilis
要素Phosphate acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / structural genomics / BSGC structure funded by NIH / Protein Structure Initiative / PSI / Berkeley Structural Genomics Center
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphate acetyltransferase activity / phosphate acetyltransferase / acetyl-CoA biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like / Rossmann fold - #10950 / Phosphate acetyltransferase / Phosphate acetyl/butyryltransferase / : / Phosphate acetyltransferase, domain 2 / Phosphate acetyltransferase, domain 1 / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Rossmann fold ...Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like / Rossmann fold - #10950 / Phosphate acetyltransferase / Phosphate acetyl/butyryltransferase / : / Phosphate acetyltransferase, domain 2 / Phosphate acetyltransferase, domain 1 / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphate acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Xu, Q.S. / Jancarik, J. / Yokota, H. / Kim, R. / Kim, S.-H. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)
引用ジャーナル: J.STRUCT.FUNCT.GENOM. / 年: 2005
タイトル: Crystal structures of a phosphotransacetylase from Bacillus subtilis and its complex with acetyl phosphate
著者: Xu, Q.S. / Jancarik, J. / Lou, Y. / Kuznetsova, K. / Yakunin, A.F. / Yokota, H. / Adams, P. / Kim, R. / Kim, S.-H.
履歴
登録2004年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphate acetyltransferase
B: Phosphate acetyltransferase
C: Phosphate acetyltransferase
D: Phosphate acetyltransferase
E: Phosphate acetyltransferase
F: Phosphate acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,33130
ポリマ－211,0256
非ポリマー2,30624
水2,054114
1
A: Phosphate acetyltransferase
B: Phosphate acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,20611
ポリマ－70,3422
非ポリマー8659
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area26630 Å2
手法PISA
2
C: Phosphate acetyltransferase
D: Phosphate acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,20611
ポリマ－70,3422
非ポリマー8659
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area26610 Å2
手法PISA
3
E: Phosphate acetyltransferase
ヘテロ分子

E: Phosphate acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,11010
ポリマ－70,3422
非ポリマー7698
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
4
F: Phosphate acetyltransferase
ヘテロ分子

F: Phosphate acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7266
ポリマ－70,3422
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)185.207, 185.207, 259.414
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質
Phosphate acetyltransferase / Phosphotransacetylase / Vegetative protein 43 / VEG43


分子量: 35170.887 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: PTA, IPA-88D, BSU37660 / プラスミド: pLIC.B4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/pSJS1244 / 参照: UniProt: P39646, phosphate acetyltransferase
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: BisTris Propane, ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→20 Å / Num. all: 64644 / Num. obs: 64644 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 47.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 10.23
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 1.81 / Num. unique all: 3130 / Rsym value: 0.66 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R5J

1r5j


解像度: 2.75→19.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 5146040.67 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.297 1958 3 %RANDOM
Rwork0.268 ---
all0.269 64636 --
obs0.268 64636 94.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.7013 Å2 / ksol: 0.321252 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 53.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.2 Å213.57 Å20 Å2
2--13.2 Å20 Å2
3----26.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.46 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.76 Å0.67 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14682 0 120 114 14916
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.032
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.894
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.714
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.386
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.045 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.452 99 3.2 %
Rwork0.41 3030 -
obs-3129 93.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3SO4_XPLOR.PARSO4_XPLOR.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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