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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tcf | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF CALCIUM-SATURATED RABBIT SKELETAL TROPONIN C | ||||||
要素 | TROPONIN C | ||||||
キーワード | CALCIUM-REGULATED MUSCLE CONTRACTION / MUSCLE CONTRACTION / CALCIUM-BINDING / TROPONIN / E-F HAND / OPEN CONFORMATION REGULATORY DOMAIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Soman, J. / Phillips Jr., G.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 1999 タイトル: Conformational variation of calcium-bound troponin C. 著者: Soman, J. / Tao, T. / Phillips Jr, G.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tcf.cif.gz | 49.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tcf.ent.gz | 34.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tcf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1tcf_validation.pdf.gz | 423.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1tcf_full_validation.pdf.gz | 431.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1tcf_validation.xml.gz | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1tcf_validation.cif.gz | 17 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/1tcf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/1tcf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17991.801 Da / 分子数: 1 / 変異: INITIATOR MET, C98L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02586 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.5 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.6 / 詳細: 40-50% MPD, 50MM SODIUM ACETATE 5MM CACL2, PH 5.6. | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 10911 / % possible obs: 77.5 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 12.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.053 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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