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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tbu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of N-terminal domain of yeast peroxisomal thioesterase-1 | ||||||
![]() | Peroxisomal acyl-coenzyme A thioester hydrolase 1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Yeast peroxisomal thioesterase / X-ray structure / domain swapping / iodine soak / SIRAS | ||||||
機能・相同性 | ![]() Beta-oxidation of pristanoyl-CoA / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / alpha-linolenic acid (ALA) metabolism / Beta-oxidation of very long chain fatty acids / : / : / palmitoyl-CoA hydrolase / Peroxisomal protein import / acyl-CoA metabolic process / fatty acyl-CoA hydrolase activity ...Beta-oxidation of pristanoyl-CoA / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / alpha-linolenic acid (ALA) metabolism / Beta-oxidation of very long chain fatty acids / : / : / palmitoyl-CoA hydrolase / Peroxisomal protein import / acyl-CoA metabolic process / fatty acyl-CoA hydrolase activity / fatty acid catabolic process / carboxylic ester hydrolase activity / fatty acid beta-oxidation / fatty acid oxidation / peroxisomal matrix / peroxisome / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Devedjiev, Y.D. / Li, J. / Derewenda, U. / Derewenda, Z.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of N-terminal domain of yeast peroxisomal thioesterase-1 著者: Devedjiev, Y.D. / Li, J. / Derewenda, U. / Derewenda, Z.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 90.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 70.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 462 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 480.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Present structure presents only N-terminal domain of the enzyme |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13100.252 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PTE1, TES1, YJR019C, J1456 / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.3 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1.5 M sodium formate, 0.1 M sodium citrate buffer, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月2日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9149 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 26378 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 21.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.225 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.155 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.255 Å / Total num. of bins used: 20 /
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