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- PDB-1tbk: NMR structure of the VS ribozyme stem-loop V RNA in the absence o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tbk
タイトルNMR structure of the VS ribozyme stem-loop V RNA in the absence of multivalent ions.
要素VS ribozyme stem-loop V
キーワードRNA / U-turn / hairpin
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model type detailsminimized average
データ登録者Campbell, D.O. / Legault, P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Nuclear Magnetic Resonance Structure of the Varkud Satellite Ribozyme Stem-Loop V RNA and Magnesium-Ion Binding from Chemical-Shift Mapping
著者: Campbell, D.O. / Legault, P.
履歴
登録2004年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VS ribozyme stem-loop V


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,4191
ポリマ－5,4191
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / 61The submitted conformer models are the 10 structures with the lowest energy (MODEL 2 -- 11)
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: RNA鎖 VS ribozyme stem-loop V


分子量: 5419.261 Da / 分子数: 1 / 断片: SL5 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence is derived from the Neurospora Varkud satellite ribozyme

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D flip-back WATERGATE NOESY
1222D 1H-15N CPMG-NOESY
2322D 1H-15N CPMG-NOESY
1422D HNN-CSOSY
1552D HNN-COSY
1633D 13C-edited HMQC-NOESY
174DQF-COSY
1833D (H)CCH E.COSY
1932D 1H-13C CT-TROSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1unlabeled SL510 mM d11-Tris, 50 mM NaCl, 0.2 mM EDTA, 0.05 mM NaN3, pH 7.0, 90% H2O and 10% D2O
215N Sl510 mM d11-Tris, 50 mM NaCl, 0.2 mM EDTA, 0.05 mM NaN3, pH 7.0, 90% H2O and 10% D2O
313C 15N Sl510 mM d11-Tris, 50 mM NaCl, 0.2 mM EDTA, 0.05 mM NaN3, pH 7.0, 100% D2O
4unlabeled SL510 mM d11-Tris, 50 mM NaCl, 0.2 mM EDTA, 0.05 mM NaN3, pH 7.0, 100% D2O
515N SL510 mM d11-Tris, 50 mM NaCl, 0.2 mM EDTA, 0.05 mM NaN3, pH 7.0, 100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150 mM NaCl 7ambient 298 K
250 mM NaCl 7ambient 278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLORNIH-2.0.6Brunger構造決定
NMRPipe97.231.15.18Delaglio解析
NMRView5.0.3Johnsonデータ解析
MOLMOL2K.2Koradiデータ解析
Curves5.1Laveryデータ解析
X-PLORNIH-2.0.6Brunger精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: The submitted conformer models are the 10 structures with the lowest energy (MODEL 2 -- 11)
計算したコンフォーマーの数: 61 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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