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- PDB-1tbg: BETA-GAMMA DIMER OF THE HETEROTRIMERIC G-PROTEIN TRANSDUCIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tbg
タイトルBETA-GAMMA DIMER OF THE HETEROTRIMERIC G-PROTEIN TRANSDUCIN
要素(TRANSDUCIN) x 2
キーワードCOMPLEX (GTP-BINDING/TRANSDUCER) / COMPLEX (GTP-BINDING-TRANSDUCER) / EYE / TRANSDUCER / PRENYLATION / COMPLEX (GTP-BINDING-TRANSDUCER) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / eye photoreceptor cell development / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Activation of the phototransduction cascade / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor ...Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / eye photoreceptor cell development / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Activation of the phototransduction cascade / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G alpha (12/13) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Ca2+ pathway / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / phototransduction / photoreceptor disc membrane / cellular response to catecholamine stimulus / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / intracellular protein localization / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / sensory perception of taste / signaling receptor complex adaptor activity / retina development in camera-type eye / GTPase binding / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell population proliferation / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / synapse / protein-containing complex binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Few Secondary Structures / Irregular / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain ...Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Few Secondary Structures / Irregular / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Sondek, J.S. / Bohm, A. / Lambright, D.G. / Hamm, H.E. / Sigler, P.B.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of a G-protein beta gamma dimer at 2.1A resolution.
著者: Sondek, J. / Bohm, A. / Lambright, D.G. / Hamm, H.E. / Sigler, P.B.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1996
タイトル: The 2.0 A Crystal Structure of a Heterotrimeric G Protein
著者: Lambright, D.G. / Sondek, J. / Bohm, A. / Skiba, N.P. / Hamm, H.E. / Sigler, P.B.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Structural Determinants for Activation of the Alpha-Subunit of a Heterotrimeric G Protein
著者: Lambright, D.G. / Noel, J.P. / Hamm, H.E. / Sigler, P.B.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Gtpase Mechanism of Gproteins from the 1.7-A Crystal Structure of Transducin Alpha-Gdp-Aif-4
著者: Sondek, J. / Lambright, D.G. / Noel, J.P. / Hamm, H.E. / Sigler, P.B.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: The 2.2 A Crystal Structure of Transducin-Alpha Complexed with GTP Gamma S
著者: Noel, J.P. / Hamm, H.E. / Sigler, P.B.
履歴
登録1996年6月15日処理サイト: BNL
改定 1.01997年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSDUCIN
E: TRANSDUCIN
B: TRANSDUCIN
F: TRANSDUCIN
C: TRANSDUCIN
G: TRANSDUCIN
D: TRANSDUCIN
H: TRANSDUCIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,5888
ポリマ－181,5888
非ポリマー00
水13,187732
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: TRANSDUCIN
G: TRANSDUCIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3972
ポリマ－45,3972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area17210 Å2
手法PISA
3
B: TRANSDUCIN
F: TRANSDUCIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3972
ポリマ－45,3972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area16940 Å2
手法PISA
4
D: TRANSDUCIN
H: TRANSDUCIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3972
ポリマ－45,3972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4720 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area17070 Å2
手法PISA
5
A: TRANSDUCIN
E: TRANSDUCIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3972
ポリマ－45,3972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area17430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.100, 94.000, 194.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999339, -0.035733, 0.006634), (-0.034136, 0.985506, 0.166174), (-0.012475, 0.165838, -0.986074)125.72179, -17.47346, 236.6387
2given(-0.995922, 0.021439, 0.087635), (-0.036606, -0.983829, -0.17533), (0.082459, -0.177823, 0.980602)112.69596, 114.0073, 5.20845
3given(0.993596, -0.001803, -0.112978), (0.002097, -0.999406, 0.03439), (-0.112973, -0.034407, -0.993002)13.70356, 86.21671, 252.63943

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要素

#1: タンパク質
TRANSDUCIN / GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G


分子量: 37416.930 Da / 分子数: 4 / 断片: BETA-1 SUBUNIT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / Cell: ROD / 器官: EYE / Organelle: ROD OUTER SEGMENT / 組織: RETINA / 参照: UniProt: P04901, UniProt: P62871*PLUS
#2: タンパク質
TRANSDUCIN / GUANINE NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN G


分子量: 7980.186 Da / 分子数: 4 / 断片: GAMMA-1 SUBUNIT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / Cell: ROD / 器官: EYE / Organelle: ROD OUTER SEGMENT / 組織: RETINA / 参照: UniProt: P02698
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 732 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.63 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 15-20 MG/ML PROTEIN MIXED 1:1 WITH WELL SOLUTION (10MM FUMARATE, PH 4.2, 10MM MGSO4, 2MM GDCL3, 5% W/V GLYCEROL, 5% W/V PEG 4000, 15MM BETA-MERCAPTOETHANOL. MIXTURE EQUILIBRATED VS. WELL ...詳細: 15-20 MG/ML PROTEIN MIXED 1:1 WITH WELL SOLUTION (10MM FUMARATE, PH 4.2, 10MM MGSO4, 2MM GDCL3, 5% W/V GLYCEROL, 5% W/V PEG 4000, 15MM BETA-MERCAPTOETHANOL. MIXTURE EQUILIBRATED VS. WELL SOLUTION IN HANGING DROPS AT 4 DEGREES CELSIUS., vapor diffusion - hanging drop, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: protein solution is mixed in a 1:1 ratio with well solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115-20 mg/mlprotein1drop
21 mMTris-HCl1drop
31 mM1dropMgCl2
45 mM1dropNaCl
515 mMbeta-mercaptoethanol1drop
65-7.5 %(v/v)glycerol1drop
710 mMfumarate1reservoir
810 mM1reservoirMgSO4
92 mM1reservoirGdCl3
105 %(v/v)glycerol1reservoir
115 %(v/v)PEG40001reservoir
1215 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.95
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年6月7日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 88015 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.088
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / Num. measured all: 258531

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→6 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rfree0.306 -
Rwork0.2 -
obs0.2 71169
原子変位パラメータBiso mean: 36.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12541 0 0 732 13273
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.89
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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