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万見
- PDB-1tae: Structural rearrangement accompanying NAD+ synthesis within a bac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tae
タイトルStructural rearrangement accompanying NAD+ synthesis within a bacterial DNA ligase crystal
要素DNA ligase, NAD-dependent
キーワードLIGASE / Nucleotidyl transferase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA ligase (NAD+) / DNA ligase (NAD+) activity / DNA replication / DNA repair / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dna Ligase; domain 1 - #70 / Zinc-finger, NAD-dependent DNA ligase C4-type / NAD-dependent DNA ligase C4 zinc finger domain / NAD-dependent DNA ligase, active site / NAD-dependent DNA ligase, conserved site / NAD-dependent DNA ligase signature 1. / NAD-dependent DNA ligase signature 2. / NAD-dependent DNA ligase / NAD-dependent DNA ligase, OB-fold / NAD-dependent DNA ligase, adenylation ...Dna Ligase; domain 1 - #70 / Zinc-finger, NAD-dependent DNA ligase C4-type / NAD-dependent DNA ligase C4 zinc finger domain / NAD-dependent DNA ligase, active site / NAD-dependent DNA ligase, conserved site / NAD-dependent DNA ligase signature 1. / NAD-dependent DNA ligase signature 2. / NAD-dependent DNA ligase / NAD-dependent DNA ligase, OB-fold / NAD-dependent DNA ligase, adenylation / NAD-dependent DNA ligase, N-terminal / NAD-dependent DNA ligase adenylation domain / NAD-dependent DNA ligase OB-fold domain / Ligase N family / DisA/LigA, helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-helix motif / DNA ligase/mRNA capping enzyme / Helix hairpin bin / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Dna Ligase; domain 1 / Helix Hairpins / Nucleic acid-binding, OB-fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / : / DNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Gajiwala, K.S. / Pinko, C.
引用
ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2004
タイトル: Structural rearrangement accompanying NAD+ synthesis within a bacterial DNA ligase crystal.
著者: Gajiwala, K.S. / Pinko, C.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: Structure of the adenylation domain of an NAD dependent DNA ligase
著者: Singleton, M.R. / Hakansson, K. / Timson, D.J. / Wigley, D.B.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of NAD dependent DNA ligase: modular architecture and functional implications.
著者: Lee, J.Y. / Chang, C. / Song, H.K. / Moon, J. / Yang, J.K. / K Kim, H. / Kwon, S.T. / Suh, S.W.
履歴
登録2004年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA ligase, NAD-dependent
B: DNA ligase, NAD-dependent
C: DNA ligase, NAD-dependent
D: DNA ligase, NAD-dependent
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,13634
ポリマ－152,1314
非ポリマー5,00530
水3,171176
1
A: DNA ligase, NAD-dependent
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2728
ポリマ－38,0331
非ポリマー1,2407
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA ligase, NAD-dependent
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,39210
ポリマ－38,0331
非ポリマー1,3599
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: DNA ligase, NAD-dependent
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1767
ポリマ－38,0331
非ポリマー1,1446
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: DNA ligase, NAD-dependent
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2959
ポリマ－38,0331
非ポリマー1,2638
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
B: DNA ligase, NAD-dependent
ヘテロ分子

A: DNA ligase, NAD-dependent
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,66418
ポリマ－76,0652
非ポリマー2,59916
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area8310 Å2
ΔGint-243 kcal/mol
Surface area27700 Å2
手法PISA
6
D: DNA ligase, NAD-dependent
ヘテロ分子

C: DNA ligase, NAD-dependent
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,47216
ポリマ－76,0652
非ポリマー2,40714
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,y-1/2,-z1
Buried area7750 Å2
ΔGint-197 kcal/mol
Surface area27960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.296, 135.179, 115.797
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
DNA ligase, NAD-dependent


分子量: 38032.688 Da / 分子数: 4 / 断片: Adenylation domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: V583 / 遺伝子: ligA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q837V6, GenBank: 29375318, DNA ligase (NAD+)
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.7 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Ammonium sulfate, cacodylate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年1月9日 / 詳細: Osmic Confocal Max-Flux Optics
放射モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→25 Å / Num. all: 51184 / Num. obs: 50300 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.84 % / Biso Wilson estimate: 56.4 Å2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 4916 / Rsym value: 0.374 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNX2000.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNX2000.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Domain 1b of NMN bound structure of E. faecalis ligase (PDB ID: 1TA8)

1ta8


解像度: 2.7→24.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 482888.09 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 4919 10 %RANDOM
Rwork0.202 ---
all0.204 50300 --
obs0.204 48981 95.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.2795 Å2 / ksol: 0.369729 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.24 Å20 Å2-8.5 Å2
2--2.43 Å20 Å2
3---5.81 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→24.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10300 0 298 176 10774
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 783 10.5 %
Rwork0.309 6685 -
obs--88 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3NAD.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4SO4.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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