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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1t97 | ||||||
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タイトル | Use of sequence duplication to engineer a ligand-triggered long-distance molecular switch in T4 Lysozyme | ||||||
要素 | Lysozyme | ||||||
キーワード | HYDROLASE / MOLECULAR SWITCH / T4 LYSOZYME / NANO-BIOTECHNOLOGY / PROTEIN ENGINEERING / PROTEIN DESIGN / SEQUENCE DUPLICATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Yousef, M.S. / Baase, W.A. / Matthews, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004 タイトル: Use of sequence duplication to engineer a ligand-triggered, long-distance molecular switch in T4 lysozyme. 著者: Yousef, M.S. / Baase, W.A. / Matthews, B.W. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999 タイトル: Structural Characterization of an Engineered Tandem Repeat Contrasts the Importance of Context and Sequence in Protein Folding. 著者: Sagermann, M. / Baase, W.A. / Matthews, B.W. #2: ジャーナル: Plant Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: Long-distance conformational changes in a protein engineered by modulated sequence duplication. 著者: Sagermann, M. / Gay, L. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1t97.cif.gz | 79.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1t97.ent.gz | 60.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1t97.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/1t97 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/1t97 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19685.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00720, lysozyme #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.7 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 30% POLY-ETHYLENE GLYCOL 3400, 100MM HEPES BUFFER, 200MM AMMONIUM ACETATE, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 |
検出器 | 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 11359 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 36.7 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 7 / Rsym value: 0.15 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 420103.65 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: FOR MONOMER "A", THERE WAS NO VISIBLE DENSITY FOR RESIDUES 54-61 THERFORE THEY WERE NOT MODELED.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.6322 Å2 / ksol: 0.331785 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.9 Å / Total num. of bins used: 6 /
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Xplor file |
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