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万見
- PDB-1t8t: Crystal Structure of human 3-O-Sulfotransferase-3 with bound PAP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t8t
タイトルCrystal Structure of human 3-O-Sulfotransferase-3 with bound PAP
要素heparan sulfate D-glucosaminyl 3-O-sulfotransferase 3A1
キーワードTRANSFERASE / alpha-beta motif / substrate-binding cleft
機能・相同性
機能・相同性情報


[heparan sulfate]-glucosamine 3-sulfotransferase 3 / protein sulfation / [heparan sulfate]-glucosamine 3-sulfotransferase 3 activity / [heparan sulfate]-glucosamine 3-sulfotransferase 1 activity / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process, enzymatic modification / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / HS-GAG biosynthesis / glycosaminoglycan biosynthetic process / sulfotransferase activity / branching involved in ureteric bud morphogenesis ...[heparan sulfate]-glucosamine 3-sulfotransferase 3 / protein sulfation / [heparan sulfate]-glucosamine 3-sulfotransferase 3 activity / [heparan sulfate]-glucosamine 3-sulfotransferase 1 activity / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process, enzymatic modification / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / HS-GAG biosynthesis / glycosaminoglycan biosynthetic process / sulfotransferase activity / branching involved in ureteric bud morphogenesis / plasma membrane => GO:0005886 / Golgi membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Heparan sulfate sulfotransferase / Sulfotransferase domain / Sulfotransferase domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / CITRIC ACID / Heparan sulfate glucosamine 3-O-sulfotransferase 3B1 / Heparan sulfate glucosamine 3-O-sulfotransferase 3A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Moon, A.F. / Edavettal, S.C. / Krahn, J.M. / Munoz, E.M. / Negishi, M. / Linhardt, R.J. / Liu, J. / Pedersen, L.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural analysis of the sulfotransferase (3-o-sulfotransferase isoform 3) involved in the biosynthesis of an entry receptor for herpes simplex virus 1
著者: Moon, A.F. / Edavettal, S.C. / Krahn, J.M. / Munoz, E.M. / Negishi, M. / Linhardt, R.J. / Liu, J. / Pedersen, L.C.
履歴
登録2004年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: heparan sulfate D-glucosaminyl 3-O-sulfotransferase 3A1
B: heparan sulfate D-glucosaminyl 3-O-sulfotransferase 3A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1905
ポリマ－62,1442
非ポリマー1,0473
水7,963442
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5330 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area23530 Å2
手法PISA
2
A: heparan sulfate D-glucosaminyl 3-O-sulfotransferase 3A1
B: heparan sulfate D-glucosaminyl 3-O-sulfotransferase 3A1
ヘテロ分子

A: heparan sulfate D-glucosaminyl 3-O-sulfotransferase 3A1
B: heparan sulfate D-glucosaminyl 3-O-sulfotransferase 3A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,38010
ポリマ－124,2874
非ポリマー2,0936
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area14660 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area43060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.338, 155.394, 93.323
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1608-

HOH

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要素

#1: タンパク質 heparan sulfate D-glucosaminyl 3-O-sulfotransferase 3A1 / heparin-glucosamine 3-O-sulfotransferase / 3-OST-3


分子量: 31071.830 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: h3-OST-3 / プラスミド: pGEX-4T3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus-RIL / 参照: UniProt: Q9Y662, UniProt: Q9Y663*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.5 %
結晶化温度: 297 K / 手法: micro-seeding / pH: 5.5
詳細: sodium citrate, ammonium acetate, PEG 4000, PAP, pH 5.5, micro-seeding, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年1月6日 / 詳細: Osmic mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 49160 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル最高解像度: 1.85 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 4843 / Rsym value: 0.297 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1S6T

1s6t
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.85→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 540140.79 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 2386 5 %RANDOM
Rwork0.206 ---
all0.207 47743 --
obs0.206 45357 95.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.1958 Å2 / ksol: 0.339245 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å20 Å20 Å2
2---6.21 Å20 Å2
3---6.79 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4341 0 67 442 4850
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 322 4.7 %
Rwork0.261 6545 -
obs--83.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4PAP2.PARAMPAP2.TOP
X-RAY DIFFRACTION5CIT.PARAMCIT.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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