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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1t8m | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE P1 HIS BPTI MUTANT- BOVINE CHYMOTRYPSIN COMPLEX | ||||||
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![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / CHYMOTRYPSIN / SERINE PROTEINASE / BOVINE PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR / BPTI / PROTEIN-PROTEIN INTERACTION / NON-COGNATE BINDING / S1 POCKET / PRIMARY SPECIFICITY / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() chymotrypsin / trypsinogen activation / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / sulfate binding / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of platelet aggregation / zymogen binding / molecular function inhibitor activity / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / serpin family protein binding ...chymotrypsin / trypsinogen activation / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / sulfate binding / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of platelet aggregation / zymogen binding / molecular function inhibitor activity / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / protease binding / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Czapinska, H. / Helland, R. / Otlewski, J. / Smalas, A.O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of five bovine chymotrypsin complexes with P1 BPTI variants. 著者: Czapinska, H. / Helland, R. / Smalas, A.O. / Otlewski, J. #1: ![]() タイトル: STRUCTURAL CONSEQUENCES OF ACCOMMODATION OF FOUR NON-COGNATE AMINO-ACID RESIDUES IN THE S1 POCKET OF BOVINE TRYPSIN AND CHYMOTRYPSIN 著者: Helland, R. / Czapinska, H. / Leiros, I. / Olufsen, M. / Otlewski, J. / Smalas, A.O. #2: ![]() タイトル: Crystal structures of bovine chymotrypsin and trypsin complexed to the inhibitor domain of Alzheimer's amyloid beta-protein precursor (APPI) and basic pancreatic trypsin inhibitor (BPTI) ...タイトル: Crystal structures of bovine chymotrypsin and trypsin complexed to the inhibitor domain of Alzheimer's amyloid beta-protein precursor (APPI) and basic pancreatic trypsin inhibitor (BPTI): engineering of inhibitors with altered specificities 著者: Scheidig, A.J. / Hynes, T.R. / Pelletier, L.A. / Wells, J.A. / Kossiakoff, A.A. #3: ![]() タイトル: Crystal structure of the bovine alpha-chymotrypsin:Kunitz inhibitor complex. An example of multiple protein:protein recognition sites. 著者: Capasso, C. / Rizzi, M. / Menegatti, E. / Ascenzi, P. / Bolognesi, M. #4: ![]() タイトル: ULTRAHIGH-RESOLUTION STRUCTURE OF A BPTI MUTANT 著者: Addlagatta, A. / Czapinska, H. / Krzywda, S. / Otlewski, J. / Jaskolski, M. #5: ![]() タイトル: CRYSTALLOGRAPHIC REFINEMENT OF THE STRUCTURE OF BOVINE PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR AT 1.5 A RESOLUTION 著者: Deisenhofer, J. / Steigemann, W. #6: ![]() タイトル: Three-dimensional structure of tosyl-alpha-chymotrypsin 著者: Matthews, B.W. / Sigler, P.B. / Henderson, R. / Blow, D.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 139.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 108.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25686.037 Da / 分子数: 2 / 変異: K50H, M87L / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 6518.497 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.3 % 解説: The author notes that the R merge value noted here is a multiplicity weighted R meas |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 50% AMMONIUM SULFATE, 0.1M TRIS, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年6月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9312 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→25 Å / Num. all: 105326 / Num. obs: 105226 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 25.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 6.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.375 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 15389 / Rsym value: 0.299 / % possible all: 98.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1P2N 解像度: 1.8→14.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.7288 Å2 / ksol: 0.412596 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→14.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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