[日本語] English
万見
- PDB-1t7s: Structural Genomics of Caenorhabditis elegans: Structure of BAG-1... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t7s
タイトルStructural Genomics of Caenorhabditis elegans: Structure of BAG-1 protein
要素BAG-1 cochaperone
キーワードCHAPERONE / Structural genomics / BAG-1 cochaperone / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG
機能・相同性
機能・相同性情報


chaperone cofactor-dependent protein refolding / protein-folding chaperone binding
類似検索 - 分子機能
Molecular chaperone regulator BAG-1 / BAG domain / BAG domain superfamily / Molecular chaperone regulator BAG / BAG domain / BAG domain / BAG domain profile. / BAG domains, present in regulator of Hsp70 proteins / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Ubiquitin family ...Molecular chaperone regulator BAG-1 / BAG domain / BAG domain superfamily / Molecular chaperone regulator BAG / BAG domain / BAG domain / BAG domain profile. / BAG domains, present in regulator of Hsp70 proteins / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Ubiquitin family / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BAG family molecular chaperone regulator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Symersky, J. / Zhang, Y. / Schormann, N. / Li, S. / Bunzel, R. / Pruett, P. / Luan, C.-H. / Luo, M. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Structural genomics of Caenorhabditis elegans: structure of the BAG domain.
著者: Symersky, J. / Zhang, Y. / Schormann, N. / Li, S. / Bunzel, R. / Pruett, P. / Luan, C.H. / Luo, M.
履歴
登録2004年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BAG-1 cochaperone
B: BAG-1 cochaperone


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2952
ポリマ－32,2952
非ポリマー00
水90150
1
A: BAG-1 cochaperone


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1481
ポリマ－16,1481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: BAG-1 cochaperone


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1481
ポリマ－16,1481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: BAG-1 cochaperone

A: BAG-1 cochaperone


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2952
ポリマ－32,2952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_755-x+2,y,-z1
Buried area5760 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area16440 Å2
手法PISA
4
B: BAG-1 cochaperone

B: BAG-1 cochaperone


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2952
ポリマ－32,2952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
Buried area5970 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area16220 Å2
手法PISA
5
B: BAG-1 cochaperone

B: BAG-1 cochaperone

B: BAG-1 cochaperone

B: BAG-1 cochaperone


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5914
ポリマ－64,5914
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_576x,-y+2,-z+11
Buried area14710 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area29680 Å2
手法PISA
6
A: BAG-1 cochaperone

A: BAG-1 cochaperone

A: BAG-1 cochaperone

A: BAG-1 cochaperone


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5914
ポリマ－64,5914
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_755-x+2,y,-z1
crystal symmetry operation4_575x,-y+2,-z1
Buried area14440 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area29960 Å2
手法PISA
7
B: BAG-1 cochaperone

B: BAG-1 cochaperone


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2952
ポリマ－32,2952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area20960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.518, 86.164, 125.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

#1: タンパク質 BAG-1 cochaperone / human BAG1 homolog / BCL-2 binding athanogene


分子量: 16147.665 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 74-210 / 変異: SeMET variant / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: Bag-1 / プラスミド: PET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: O44739
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 1.6M ammonium sulfate, 0.1M MES, 5% dioxane, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.979244 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979244 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 19501 / Num. obs: 19481 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 64.7 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 1034 / Rsym value: 0.314 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→37.63 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 963 4.9 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.224 19481 99.9 %-
all-19501 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.06 Å2 / ksol: 0.351313 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 57.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.12 Å20 Å20 Å2
2--2.67 Å20 Å2
3----12.79 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.65 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→37.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2108 0 0 50 2158
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.66
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.651.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it8.262
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it9.092
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it12.312.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 188 5.8 %
Rwork0.332 3056 -
obs-3056 100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る