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- PDB-1t6v: Crystal structure analysis of the nurse shark new antigen recepto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t6v
タイトルCrystal structure analysis of the nurse shark new antigen receptor (NAR) variable domain in complex with lysozyme
要素
  • Lysozyme C
  • novel antigen receptor
キーワードHYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN FOLD / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell receptor complex / Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / peptide antigen binding / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium ...T cell receptor complex / Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / peptide antigen binding / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Immunoglobulin V-Type ...: / Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Lysozyme / Immunoglobulin V-set domain / Lysozyme-like domain superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysozyme C / Novel antigen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Ginglymostoma cirratum (コモリザメ)
Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Stanfield, R.L. / Dooley, H. / Flajnik, M.F. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of a shark single-domain antibody V region in complex with lysozyme.
著者: Stanfield, R.L. / Dooley, H. / Flajnik, M.F. / Wilson, I.A.
履歴
登録2004年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Lysozyme C
N: novel antigen receptor
M: Lysozyme C
O: novel antigen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8446
ポリマ－52,7734
非ポリマー712
水5,206289
1
L: Lysozyme C
N: novel antigen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4223
ポリマ－26,3862
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area11070 Å2
手法PISA
2
M: Lysozyme C
O: novel antigen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4223
ポリマ－26,3862
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.79, 113.81, 58.44
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d 4 / Gal d IV


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: hen egg white / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: タンパク質 novel antigen receptor


分子量: 12055.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ginglymostoma cirratum (コモリザメ)
プラスミド: PIMS100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-BLUE / 参照: UniProt: Q8AXI4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 15% PEG 10,000, 0.1M imidazole malate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→46.1 Å / Num. all: 54344 / Num. obs: 54344 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 12 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2730 / Rsym value: 0.497 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.9999精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1SQ2

1sq2


解像度: 1.7→46.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 1.834 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22076 2559 4.7 %RANDOM
Rwork0.19402 ---
all0.19527 51760 --
obs0.19527 51760 96.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.691 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3670 0 2 289 3961
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0213744
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023248
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8671.9245062
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97937528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4165476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.04223.103174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.13115612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2431538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024270
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02818
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.2676
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1990.23244
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.22315
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.2191
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1540.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2340.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0930.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.511.52995
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3741.51020
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.81523744
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.02431663
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0634.51318
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.282 193
Rwork0.223 3704

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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