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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1t6m | ||||||
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タイトル | X-ray Structure of the R70D PI-PLC enzyme: Insight into the role of calcium and surrounding amino acids on active site geometry and catalysis. | ||||||
![]() | 1-phosphatidylinositol phosphodiesterase | ||||||
![]() | LYASE / PI-PLC | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphatidylinositol diacylglycerol-lyase / phosphatidylinositol diacylglycerol-lyase activity / phosphoric diester hydrolase activity / lipid catabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Apiyo, D. / Zhao, L. / Tsai, M.-D. / Selby, T.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray Structure of the R69D Phosphatidylinositol-Specific Phospholipase C Enzyme: Insight into the Role of Calcium and Surrounding Amino Acids in Active Site Geometry and Catalysis. 著者: Apiyo, D. / Zhao, L. / Tsai, M.-D. / Selby, T.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 134.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 106.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 442.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 462.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34638.637 Da / 分子数: 2 / 変異: R70D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P08954, phosphatidylinositol diacylglycerol-lyase #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 30% PEG-3000, 0.2M NH4Cl, 20 mM CHES Buffer, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.107→43.437 Å / Num. all: 37925 / Num. obs: 37903 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.493 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.107→43.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.107→2.162 Å / Total num. of bins used: 20 /
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