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- PDB-1t6c: Structural characterization of the Ppx/GppA protein family: cryst... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t6c
タイトルStructural characterization of the Ppx/GppA protein family: crystal structure of the Aquifex aeolicus family member
要素exopolyphosphatase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta protein / Actin-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrophosphatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Ppx/GppA phosphatase / Ppx/GppA phosphatase family / Exopolyphosphatase. Domain 2 / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Exopolyphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / Molecular replacement with partial model, followed by the Arp/Warp procedure. / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Kristensen, O. / Laurberg, M. / Liljas, A. / Kastrup, J.S. / Gajhede, M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Structural characterization of the stringent response related exopolyphosphatase/guanosine pentaphosphate phosphohydrolase protein family
著者: Kristensen, O. / Laurberg, M. / Liljas, A. / Kastrup, J.S. / Gajhede, M.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2001
タイトル: Role of inorganic polyphosphate in promoting ribosomal protein degradation by the Lon protease in E. coli
著者: Kuroda, A. / Nomura, K. / Ohtomo, R. / Kato, J. / Ikeda, T. / Takiguchi, N. / Ohtake, H. / Kornberg, A.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: Guanosine pentaphosphate phosphohydrolase of Escherichia coli is a long-chain exopolyphosphatase
著者: Keasling, J.D. / Bertsch, L. / Kornberg, A.
#3: ジャーナル: Trends Biochem.Sci. / 年: 1993
タイトル: Exopolyphosphate phosphatase and guanosine pentaphosphate phosphatase belong to the sugar kinase/actin/hsp 70 superfamily
著者: Reizer, J. / Reizer, A. / Saier Jr., M.H. / Bork, P. / Sander, C.
履歴
登録2004年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: exopolyphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,81412
ポリマ－35,8311
非ポリマー98211
水7,026390
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.776, 70.287, 90.783
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological relevant unit is monomeric.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 exopolyphosphatase / Ppx/GppA phosphatase


分子量: 35831.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: ppx / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS
参照: UniProt: O67040, exopolyphosphatase, guanosine-5'-triphosphate,3'-diphosphate phosphatase

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非ポリマー , 5種, 401分子

#2: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: MPD, MES, TRIS, KCl, DTT, The crystal was soaked in K2HgI4/KI containing solution, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.993 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年8月13日
放射モノクロメーター: BENDABLE ASYMMETRICALLY CUT SI(111) CRYSTAL IN COMBINATION WITH VERTICALLY FOCUSING MIRROR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.993 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→15 Å / Num. all: 47505 / Num. obs: 47505 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 1.53→1.61 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 5936 / Rsym value: 0.24 / % possible all: 84.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: Molecular replacement with partial model, followed by the Arp/Warp procedure.
開始モデル: A very incomplete model was obtained through experimental phasing and Arp/Warp tracing of the Type II crystal form

解像度: 1.53→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 1.703 / SU ML: 0.058 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 472 1 %RANDOM
Rwork0.162 ---
obs0.162 46991 95.6 %-
all-47463 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.249 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.88 Å20 Å20 Å2
2---1 Å20 Å2
3---1.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2456 0 53 390 2899
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222609
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022552
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.49423517
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8535955
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1885305
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022728
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02503
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.2549
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.240.23004
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.21677
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1750.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2980.290
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2260.245
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8791.51533
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.69822519
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.61731076
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4854.5998
LS精密化 シェル解像度: 1.53→1.57 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 30 -
Rwork0.247 2892 -
obs-2657 82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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