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万見
- PDB-1t65: Crystal structure of the androgen receptor ligand binding domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t65
タイトルCrystal structure of the androgen receptor ligand binding domain with DHT and a peptide derived form its physiological coactivator GRIP1 NR box 2 bound in a non-helical conformation
要素
  • Androgen receptorアンドロゲン受容体
  • Nuclear receptor coactivator 2核内受容体コアクチベーター2
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / androgen receptor ligand binding domain GRIP1 NR box2 coactivators crystal structure non-helical / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


male somatic sex determination / activation of prostate induction by androgen receptor signaling pathway / lateral sprouting involved in mammary gland duct morphogenesis / POU domain binding / negative regulation of integrin biosynthetic process / regulation of developmental growth / male genitalia morphogenesis / positive regulation of integrin biosynthetic process / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / animal organ formation ...male somatic sex determination / activation of prostate induction by androgen receptor signaling pathway / lateral sprouting involved in mammary gland duct morphogenesis / POU domain binding / negative regulation of integrin biosynthetic process / regulation of developmental growth / male genitalia morphogenesis / positive regulation of integrin biosynthetic process / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / animal organ formation / androgen binding / Leydig cell differentiation / regulation of systemic arterial blood pressure / epithelial cell morphogenesis / prostate gland growth / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / non-membrane-bounded organelle assembly / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / prostate gland epithelium morphogenesis / intracellular receptor signaling pathway / cellular response to testosterone stimulus / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cellular response to steroid hormone stimulus / morphogenesis of an epithelial fold / seminiferous tubule development / androgen receptor signaling pathway / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / regulation of lipid metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / single fertilization / mammary gland alveolus development / intracellular estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / regulation of protein localization to plasma membrane / Endogenous sterols / estrogen response element binding / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of phosphorylation / regulation of cellular response to insulin stimulus / Recycling of bile acids and salts / cellular response to hormone stimulus / positive regulation of adipose tissue development / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / steroid binding / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / epithelial cell proliferation / molecular condensate scaffold activity / response to progesterone / G protein-coupled receptor activity / nuclear receptor binding / positive regulation of cell differentiation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / multicellular organism growth / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / beta-catenin binding / transcription coactivator binding / positive regulation of miRNA transcription / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / negative regulation of epithelial cell proliferation / male gonad development / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / Circadian Clock / cell-cell signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / HATs acetylate histones / ATPase binding / 精子形成 / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
アンドロゲン受容体 / アンドロゲン受容体 / 核内受容体コアクチベーター2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator ...アンドロゲン受容体 / アンドロゲン受容体 / 核内受容体コアクチベーター2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE / アンドロゲン受容体 / 核内受容体コアクチベーター2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Estebanez-Perpina, E. / Moore, J.M.R. / Mar, E. / Nguyen, P. / Delgado-Rodrigues, E. / Baxter, J.D. / Webb, P. / Fletterick, R.J. / Guy, R.K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: The Molecular Mechanisms of Coactivator Utilization in Ligand-dependent Transactivation by the Androgen Receptor.
著者: Estebanez-Perpina, E. / Moore, J.M.R. / Mar, E. / Delgado-Rodrigues, E. / Nguyen, P. / Baxter, J.D. / Buehrer, B.M. / Webb, P. / Fletterick, R.J. / Guy, R.K.
履歴
登録2004年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Androgen receptor
B: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1483
ポリマ－30,8572
非ポリマー2901
水5,765320
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.600, 67.580, 69.320
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Androgen receptor / アンドロゲン受容体 / Dihydrotestosterone receptor


分子量: 29277.340 Da / 分子数: 1 / 断片: AR Ligand Binding Domain 669-919 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AR, NR3C4, DHTR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10275
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 / 核内受容体コアクチベーター2 / NCoA-2 / Transcriptional intermediary factor 2


分子量: 1579.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCOA2, TIF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物 ChemComp-DHT / 5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE / ジヒドロテストステロン / ジヒドロテストステロン


分子量: 290.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H30O2 / コメント: ホルモン*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.116 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: hepes, Na-citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→24.2 Å / Num. all: 29066 / Num. obs: 29066 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 23.1 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.66→24.2 Å / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: throught / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.27 -random
Rwork0.23 --
all0.252 29066 -
obs0.252 29066 -
原子変位パラメータBiso mean: 25.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.79 Å20 Å20 Å2
2---5.55 Å20 Å2
3----3.24 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→24.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2109 0 21 320 2450
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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