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- PDB-1t64: Crystal Structure of human HDAC8 complexed with Trichostatin A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t64
タイトルCrystal Structure of human HDAC8 complexed with Trichostatin A
要素Histone deacetylase 8
キーワードHYDROLASE / Histone deacetylase / zinc hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


histone decrotonylase activity / histone deacetylase / protein lysine deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / regulation of telomere maintenance / mitotic sister chromatid cohesion / histone deacetylase activity / nuclear chromosome / Notch-HLH transcription pathway / histone deacetylase complex ...histone decrotonylase activity / histone deacetylase / protein lysine deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / regulation of telomere maintenance / mitotic sister chromatid cohesion / histone deacetylase activity / nuclear chromosome / Notch-HLH transcription pathway / histone deacetylase complex / negative regulation of protein ubiquitination / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Hsp70 protein binding / epigenetic regulation of gene expression / HDACs deacetylate histones / Hsp90 protein binding / regulation of protein stability / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Separation of Sister Chromatids / chromatin organization / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histone deacetylase / Histone deacetylase domain / Arginase; Chain A / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRICHOSTATIN A / Histone deacetylase 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Somoza, J.R. / Skene, R.J. / Katz, B.A. / Mol, C. / Ho, J.D. / Jennings, A.J. / Luong, C. / Arvai, A. / Buggy, J.J. / Chi, E. ...Somoza, J.R. / Skene, R.J. / Katz, B.A. / Mol, C. / Ho, J.D. / Jennings, A.J. / Luong, C. / Arvai, A. / Buggy, J.J. / Chi, E. / Tang, J. / Sang, B.-C. / Verner, E. / Wynands, R. / Leahy, E.M. / Dougan, D.R. / Snell, G. / Navre, M. / Knuth, M.W. / Swanson, R.V. / McRee, D.E. / Tari, L.W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Structural Snapshots of Human HDAC8 Provide Insights into the Class I Histone Deacetylases
著者: Somoza, J.R. / Skene, R.J. / Katz, B.A. / Mol, C. / Ho, J.D. / Jennings, A.J. / Luong, C. / Arvai, A. / Buggy, J.J. / Chi, E. / Tang, J. / Sang, B.-C. / Verner, E. / Wynands, R. / Leahy, E.M. ...著者: Somoza, J.R. / Skene, R.J. / Katz, B.A. / Mol, C. / Ho, J.D. / Jennings, A.J. / Luong, C. / Arvai, A. / Buggy, J.J. / Chi, E. / Tang, J. / Sang, B.-C. / Verner, E. / Wynands, R. / Leahy, E.M. / Dougan, D.R. / Snell, G. / Navre, M. / Knuth, M.W. / Swanson, R.V. / McRee, D.E. / Tari, L.W.
履歴
登録2004年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase 8
B: Histone deacetylase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,19816
ポリマ－83,6052
非ポリマー1,59314
水12,322684
1
A: Histone deacetylase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5998
ポリマ－41,8021
非ポリマー7967
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histone deacetylase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5998
ポリマ－41,8021
非ポリマー7967
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.014, 81.014, 114.178
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Histone deacetylase 8 / HDAC8


分子量: 41802.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pFastBacHTa
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: Q9BY41

-
非ポリマー , 5種, 698分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-TSN / TRICHOSTATIN A / 7-[4-(DIMETHYLAMINO)PHENYL]-N-HYDROXY-4,6-DIMETHYL-7-OXO-2,4-HEPTADIENAMIDE / トリコスタチンA


分子量: 302.368 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H22N2O3 / コメント: 抗真菌剤, 抗生剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 684 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: PEG 8000, calcium acetate, imidazole, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→81 Å / Num. all: 54925 / Num. obs: 54547 / % possible obs: 99.31 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3991 / Rsym value: 0.544 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1C3R

1c3r


解像度: 1.9→81.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.631 / SU ML: 0.105 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22087 2908 5.1 %RANDOM
Rwork0.17197 ---
all0.174 54925 --
obs0.172 54547 99.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.006 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.65 Å20 Å20 Å2
2---0.65 Å20 Å2
3---1.29 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.146 Å0.156 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→81.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5608 0 98 684 6390
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0215819
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2721.9627905
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3555726
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2861
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024501
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0150.021
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.23313
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2655
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0990.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1620.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1780.234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4711.53610
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.86425793
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.49732209
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3674.52112
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.277 202
Rwork0.247 3991
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.43820.0004-0.63052.0572-0.3111.8989-0.06680.014-0.0925-0.0454-0.05580.0183-0.01850.06050.12260.06530.01420.05790.0444-0.02580.086863.65865.514-0.249
22.6534-0.2533-0.69021.91990.0652.49290.07550.15470.12260.05990.01-0.088-0.0937-0.5706-0.08550.04610.02180.01020.22510.02710.0208102.28153.17621.183
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA14 - 37714 - 377
2X-RAY DIFFRACTION2BB14 - 37714 - 377

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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