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- PDB-1t5r: STRUCTURE OF THE PANTON-VALENTINE LEUCOCIDIN S COMPONENT FROM STA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t5r
タイトルSTRUCTURE OF THE PANTON-VALENTINE LEUCOCIDIN S COMPONENT FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS
要素LukS-PV
キーワードUNKNOWN FUNCTION / BI-COMPONENT LEUCOTOXIN / PORE-FORMING TOXIN / STAPHYLOCOCCUS AUREUS / S COMPONENT LEUCOCIDIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis in another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Leukocidin/porin MspA / Leukocidin-like / Bi-component toxin, staphylococci / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Staphylococcus phage PVL (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Guillet, V. / Roblin, P. / Keller, D. / Prevost, G. / Mourey, L.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of leucotoxin S component: new insight into the Staphylococcal beta-barrel pore-forming toxins.
著者: Guillet, V. / Roblin, P. / Werner, S. / Coraiola, M. / Menestrina, G. / Monteil, H. / Mourey, L.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: CRYSTALLIZATION AND PRELIMINARY CRYSTALLOGRAPHIC DATA OF A LEUCOTOXIN S COMPONENT FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS
著者: GUILLET, V. / KELLER, D. / PREVOST, G. / MOUREY, L.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: THE STRUCTURE OF A STAPHYLOCOCCUS AUREUS LEUCOCIDIN COMPONENT (LUKF-PV) REVEALS THE FOLD OF THE WATER-SOLUBLE SPECIES OF A FAMILY OF TRANSMEMBRANE PORE-FORMING TOXINS.
著者: PEDELACQ, J.D. / MAVEYRAUD, L. / PREVOST, G. / BABA MOUSSA, L. / GONZALES, A. / COURCELLE, E. / SHEPARD, W. / MONTEIL, H. / SAMAMA, J.P. / MOUREY, L.
履歴
登録2004年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LukS-PV
B: LukS-PV
C: LukS-PV
D: LukS-PV
E: LukS-PV
F: LukS-PV
G: LukS-PV
H: LukS-PV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,8458
ポリマ－258,8458
非ポリマー00
水14,790821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.85, 94.85, 306.11
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質
LukS-PV / LUKS-PV / Leucotoxin


分子量: 32355.621 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Staphylococcus phage PVL (ファージ) / 細胞内の位置: CHROMOSOME / 株: v8 / 参照: UniProt: O80066, UniProt: Q783R1*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 821 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: VAPOR EQUILIBRIUM USING THE HANGING METHOD AT 285K. THE PROTEINS WERE CONCENTRATED AT 20-25 MG/ML IN MES-NAOH PH 6.0 (50MM), NACL (50MM). DROPS WERE PREPARED BY ...詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: VAPOR EQUILIBRIUM USING THE HANGING METHOD AT 285K. THE PROTEINS WERE CONCENTRATED AT 20-25 MG/ML IN MES-NAOH PH 6.0 (50MM), NACL (50MM). DROPS WERE PREPARED BY MIXING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN AND RESERVOIR SOLUTIONS AND USING RESERVOIR VOLUMES OF 500 microL CONTAINING 30% JEFFAMINE M-600, 0.1 M TRIS-HCL AT PH VALUES RANGING FROM 8.0 TO 8.9. MICRO- AND MACRO-SEEDING TECHNIQUES, INCLUDING CROSS-SEEDINGS, WERE USED TO GROW CRYSTALS. CRYSTAL SIZE (200X200X200 MM3) IN 6-10microL HANGING DROPS. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月8日 / 詳細: bent multilayer
放射モノクロメーター: double crystal monochromator (thin diamond and focusing Germanium crystals)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→35.5 Å / Num. all: 169450 / Num. obs: 169450 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 34.3 Å2 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 16649 / Rsym value: 0.47 / % possible all: 67.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PVL

1pvl


解像度: 2→35.5 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 13575 -random
Rwork0.209 ---
all0.226 169349 --
obs-136851 75.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.89 Å21.89 Å2-3.79 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→35.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17092 0 0 821 17913
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0061.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.32
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg27.72
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.652.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.04
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.36
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.9
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.07
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 794 -
Rwork0.24 --
obs-7540 27.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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