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万見
- PDB-1t5d: 4-Chlorobenzoyl-CoA Ligase/Synthetase bound to 4-chlorobenzoate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t5d
タイトル4-Chlorobenzoyl-CoA Ligase/Synthetase bound to 4-chlorobenzoate
要素4-chlorobenzoyl CoA ligase
キーワードLIGASE / Adenylate-forming / coenzyme A / domain alternation / conformational change
機能・相同性
機能・相同性情報


medium-chain fatty acid-CoA ligase activity / fatty acid metabolic process / nucleotide binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #980 / Luciferase; domain 3 / Luciferase; Domain 3 / ANL, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme ...Rossmann fold - #980 / Luciferase; domain 3 / Luciferase; Domain 3 / ANL, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Roll / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-CHLORO-BENZOIC ACID / 4-chlorobenzoyl CoA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Alcaligenes sp. AL3007 (バクテリア)
手法X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.206 Å
データ登録者Gulick, A.M. / Lu, X. / Dunaway-Mariano, D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of 4-Chlorobenzoate:CoA Ligase/Synthetase in the Unliganded and Aryl Substrate-Bound States
著者: Gulick, A.M. / Lu, X. / Dunaway-Mariano, D.
履歴
登録2004年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: 4-chlorobenzoyl CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5783
ポリマ－54,3811
非ポリマー1972
水5,855325
1
X: 4-chlorobenzoyl CoA ligase
ヘテロ分子

X: 4-chlorobenzoyl CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,1566
ポリマ－108,7622
非ポリマー3934
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)124.979, 124.979, 69.001
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 4-chlorobenzoyl CoA ligase / E.C.6.2.1.33


分子量: 54381.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alcaligenes sp. AL3007 (バクテリア)
プラスミド: pQE70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q8GN86, EC: 6.2.1.33
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-174 / 4-CHLORO-BENZOIC ACID / 4-クロロ安息香酸


分子量: 156.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5ClO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 6-8% PEG 4000;10% glycerol; 0.25 M CaCl2; 50 mM CHES, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→25.41 Å / Num. all: 31505 / Num. obs: 30276 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 40.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.373 / Num. unique all: 2435 / % possible all: 78.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
PHASES位相決定
REFMAC5.1.24精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.206→25.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 5.713 / SU ML: 0.14 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.235 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22313 1496 4.9 %RANDOM
Rwork0.17845 ---
all0.18067 ---
obs0.18067 28772 95.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.757 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.48 Å20.74 Å20 Å2
2--1.48 Å20 Å2
3----2.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.206→25.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3784 0 11 325 4120
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0213866
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2031.9615264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7335500
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2618
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022939
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.21679
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0830.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.230.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.120.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4481.52501
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.85524012
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.54331365
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5234.51252
LS精密化 シェル解像度: 2.206→2.263 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.337 72
Rwork0.261 1644
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9175-0.0199-0.10620.6661-0.07682.0524-0.0392-0.0171-0.1646-0.01140.01930.03090.2397-0.1530.01990.074-0.01310.02270.0160.03040.0935-22.016291.251212.098
23.7111-1.3696-1.37793.00090.70033.2586-0.02470.2405-0.1172-0.0791-0.00980.19790.0481-0.26530.03450.0873-0.0134-0.01590.05660.0250.04-11.323277.148539.8924
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1XA1 - 4011 - 401
2X-RAY DIFFRACTION2XA402 - 504402 - 504

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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