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- PDB-1t5c: Crystal structure of the motor domain of human kinetochore protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t5c
タイトルCrystal structure of the motor domain of human kinetochore protein CENP-E
要素Centromeric protein E
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / kinesin motor-domain-ADP complex / stranded beta-sheet core with solvent exposed alpha-helices / arrow-head shape / Structural Proteomics in Europe / SPINE / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


lateral attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / microtubule plus-end directed mitotic chromosome migration / mitotic chromosome movement towards spindle pole / metaphase chromosome alignment / mitotic spindle midzone / kinetochore binding / kinetochore microtubule / kinetochore assembly / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / condensed chromosome, centromeric region ...lateral attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / microtubule plus-end directed mitotic chromosome migration / mitotic chromosome movement towards spindle pole / metaphase chromosome alignment / mitotic spindle midzone / kinetochore binding / kinetochore microtubule / kinetochore assembly / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / condensed chromosome, centromeric region / Kinesins / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / microtubule motor activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule-based movement / mitotic metaphase chromosome alignment / chromosome, centromeric region / positive regulation of protein kinase activity / spindle midzone / intercellular bridge / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / MHC class II antigen presentation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / mitotic spindle organization / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / kinetochore / mitotic spindle / Separation of Sister Chromatids / mitotic cell cycle / chromosome / microtubule cytoskeleton / midbody / microtubule binding / microtubule / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily ...Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / NITRATE ION / Centromere-associated protein E
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Garcia-Saez, I. / Yen, T. / Wade, R.H. / Kozielski, F. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the motor domain of the human kinetochore protein CENP-E.
著者: Garcia-Saez, I. / Yen, T. / Wade, R.H. / Kozielski, F.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic analysis of the motor domain of human kinetochore-associated protein CENP-E using an automated crystallization procedure.
著者: Garcia-Saez, I. / Blot, D. / Kahn, R. / Kozielski, F.
履歴
登録2004年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年6月17日Group: Advisory / Database references / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_database_related ...entity_poly / pdbx_database_related / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_target_identifier / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.12023年8月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE THE AUTHORS STATE, DNA SEQUENCING HAS SHOWN THE PRESENCE OF AN ALANINE IN POSITION 300 ...SEQUENCE THE AUTHORS STATE, DNA SEQUENCING HAS SHOWN THE PRESENCE OF AN ALANINE IN POSITION 300 INSTEAD OF A PROLINE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centromeric protein E
B: Centromeric protein E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,9388
ポリマ－78,6712
非ポリマー1,2676
水1,51384
1
A: Centromeric protein E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1515
ポリマ－39,3351
非ポリマー8164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Centromeric protein E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7873
ポリマ－39,3351
非ポリマー4522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.353, 83.700, 94.162
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.05, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Centromeric protein E / CENP-E protein


分子量: 39335.395 Da / 分子数: 2 / 断片: motor-domain and linker region / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02224

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非ポリマー , 5種, 90分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-PIN / PIPERAZINE-N,N'-BIS(2-ETHANESULFONIC ACID) / PIPES / 1,4-PIPERAZINEDIETHANESULFONIC ACID / PIPES


分子量: 302.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O6S2 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: PEG 3350, NaNO3, Pipes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月1日
放射モノクロメーター: Diamond (III), Ge (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→91.73 Å / Num. all: 25698 / Num. obs: 25345 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.182 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 3218 / Rsym value: 0.158 / % possible all: 86.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Structure of conventional kinesin motor domain PDB entry 1MKJ

1mkj


解像度: 2.5→12 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2782 1156 random
Rwork0.2277 --
all-24191 -
obs-23073 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5055 0 78 84 5217
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.08
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
2.5-2.540.391260.305X-RAY DIFFRACTION686
3.02-3.10.23580.244X-RAY DIFFRACTION988
6.69-120.273580.23X-RAY DIFFRACTION1094

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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