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- PDB-1t50: NMR SOLUTION STRUCTURE OF APLYSIA ATTRACTIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t50
タイトルNMR SOLUTION STRUCTURE OF APLYSIA ATTRACTIN
要素Attractin
キーワードATTRACTIN / MOLLUSK / PHEROMONE / APLYSIA ATTRACTIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mating pheromone activity / sexual reproduction / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Mollusk pheromone / Attractin / Attractin / Attractin superfamily / Attractin family / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Aplysia californica (無脊椎動物)
手法溶液NMR / SELF-CORRECTING DG, VTF
データ登録者Ravindranath, G. / Xu, Y. / Schein, C.H. / Rajaratnam, K. / Painter, S.D. / Nagle, G.T. / Braun, W.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: NMR Solution Structure of Attractin, a Water-Borne Pheromone from the Mollusk Aplysia Attractin
著者: Ravindranath, G. / Xu, Y. / Schein, C.H. / Rajarathnam, K. / Nagle, G.T. / Painter, S.D. / Braun, W.
#1: ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2001
タイトル: Aplysia Attractin: Biophysical Characterization and Modeling of a Water-Borne Pheromone
著者: Schein, C.H. / Nagle, G.T. / Page, J.S. / Sweedler, J.V. / Xu, Y. / Painter, S.D. / Braun, W.
履歴
登録2004年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2004年5月11日ID: 1NJ7
改定 1.02004年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Attractin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,3601
ポリマ－6,3601
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50VTF VALUES
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Attractin


分子量: 6359.892 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aplysia californica (無脊椎動物)
解説: Sf-900 II serum-free medium / 遺伝子: ATT / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O96910

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY
131DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: HOMONUCLEAR 1H NMR SPECTROSCOPY

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試料調製

詳細内容: 0.7mM Unlabled protein, 10 mM sodium phosphate buffer, 90% H20, 10% D20
溶媒系: 90% H20, 10% D20
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
11 mM 6.8 ambient 298 K
21 mM 6.8 ambient 288 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称分類
NOAH/DIAMOND構造決定
FANTOM精密化
精密化手法: SELF-CORRECTING DG, VTF / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: VTF VALUES / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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