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- PDB-1t4c: Formyl-CoA Transferase in complex with Oxalyl-CoA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t4c
タイトルFormyl-CoA Transferase in complex with Oxalyl-CoA
要素Formyl-CoA:oxalate CoA-transferase
キーワードTRANSFERASE / CoA transferase / oxalate / oxalate degradation / intertwined / knotted fold / CAIB-BAIF family / Oxalyl-CoA / anhydride
機能・相同性
機能・相同性情報


formyl-CoA transferase / formyl-CoA transferase activity / oxalate catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Formyl-CoA:oxalate CoA-transferase / : / formyl-coa transferase, domain 3 / Crotonobetainyl-coa:carnitine coa-transferase; domain 1 / formyl-coa transferase, domain 3 / CoA-transferase family III / CoA-transferase family III domain 1 superfamily / CoA-transferase family III domain 3 superfamily / CoA-transferase family III / Rossmann fold ...Formyl-CoA:oxalate CoA-transferase / : / formyl-coa transferase, domain 3 / Crotonobetainyl-coa:carnitine coa-transferase; domain 1 / formyl-coa transferase, domain 3 / CoA-transferase family III / CoA-transferase family III domain 1 superfamily / CoA-transferase family III domain 3 superfamily / CoA-transferase family III / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / OXALIC ACID / Formyl-CoA:oxalate CoA-transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Oxalobacter formigenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Ricagno, S. / Jonsson, S. / Richards, N.G. / Lindqvist, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Kinetic and mechanistic characterization of the formyl-CoA transferase from Oxalobacter formigenes
著者: Jonsson, S. / Ricagno, S. / Lindqvist, Y. / Richards, N.G.
履歴
登録2004年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32018年8月8日Group: Advisory / Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 2.02023年4月12日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / chem_comp / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _cell.Z_PDB / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_entry_details.sequence_details / _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formyl-CoA:oxalate CoA-transferase
B: Formyl-CoA:oxalate CoA-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,0885
ポリマ－94,4632
非ポリマー1,6253
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14990 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area29840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.163, 100.163, 196.872
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRALAALA2AA2 - 1501 - 149
21THRTHRALAALA2BB2 - 1501 - 149
12HISHISSERSER2AA175 - 250174 - 249
22HISHISSERSER2BB175 - 250174 - 249
13VALVALVALVAL4AA280 - 428279 - 427
23VALVALVALVAL4BB280 - 428279 - 427

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Formyl-CoA:oxalate CoA-transferase / FCOCT / Formyl-coenzyme A transferase


分子量: 47231.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oxalobacter formigenes (バクテリア)
遺伝子: frc / プラスミド: pET9a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O06644, formyl-CoA transferase
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / 参照: UniProt: O06644*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-OXD / OXALIC ACID / シュウ酸


分子量: 90.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE AUTHOR SAID THAT THE AMINO ACID AT POSITION 186 IS ILE, THE SWS IS INCORRECT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Mg acetate, PEG 8000, Na cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.087 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.087 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→25.48 Å / Num. all: 30208 / Num. obs: 30208 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 63.4 Å2 / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 4046 / Rsym value: 0.332 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1P5R

1p5r


解像度: 2.61→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 11.384 / SU ML: 0.243 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 1.242 / ESU R Free: 0.358 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27308 1514 5 %RANDOM
Rwork0.20001 ---
all0.20369 30208 --
obs0.20369 28694 96.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.374 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.78 Å20 Å20 Å2
2---2.78 Å20 Å2
3---5.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6631 0 96 130 6857
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0216872
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026120
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8211.9689306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96314302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.375850
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2988
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027643
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021321
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.21542
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2380.27249
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0950.24068
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.170.2195
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1610.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1780.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7621.54224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.42526773
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.98432648
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3234.52533
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1872tight positional0.060.05
2443tight positional0.060.05
11340medium positional0.60.5
2729medium positional0.590.5
32275medium positional0.530.5
1872tight thermal0.150.5
2443tight thermal0.140.5
11340medium thermal0.682
2729medium thermal0.652
32275medium thermal0.732
LS精密化 シェル解像度: 2.609→2.677 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.331 79
Rwork0.29 2016
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5633-0.0980.05860.0775-0.13270.53190.07930.0542-0.0388-0.058-0.0613-0.01940.11270.1291-0.0180.1360.063600.32390.02590.139180.5867.9710.176
210.1825-0.8294-0.77771.260.16840.19810.33870.4779-0.5046-0.4147-0.13540.4112-0.06150.0627-0.20330.13180.1091-0.11370.2052-0.040.123749.76331.1130.922
31.0945-0.37130.45050.414-0.14470.4180.0863-0.04120.06210.0583-0.1028-0.0559-0.01610.0990.01650.08880.02310.00010.32910.0150.109177.71418.52622.891
40.3613-0.04670.09490.2624-0.060.47530.0412-0.02540.0161-0.0630.0019-0.01320.0448-0.0329-0.04310.1070.0185-0.01110.2705-0.010.17965.74812.92812.568
512.66432.56850.54260.13052.11946.4474-0.22830.46190.0853-0.36140.0863-0.1607-0.9030.56230.1420.26950.0232-0.01120.2628-0.01010.2586103.1921.503-4.192
60.5133-0.3569-0.25370.17870.10590.78330.04020.1864-0.1836-0.1188-0.007-0.09340.2108-0.0564-0.03320.16040.0276-0.03830.2661-0.02950.18968.5813.432-0.955
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 280
2X-RAY DIFFRACTION2A281 - 315
3X-RAY DIFFRACTION3A316 - 428
4X-RAY DIFFRACTION4B2 - 280
5X-RAY DIFFRACTION5B281 - 315
6X-RAY DIFFRACTION6B316 - 428

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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