PDB-1t3v: The NMR solution structure of TM1816

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1t3v

タイトル

The NMR solution structure of TM1816

要素

conserved hypothetical protein

キーワード

Structural Genomics / UNKNOWN FUNCTION / alpha-beta / Protein Structure Initiative / PSI / Joint Center for Structural Genomics / JCSG

機能・相同性

MTH1175 domain / Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis domain / Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis / Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis superfamily / Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Dinitrogenase iron-molybdenum cofactor biosynthesis domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Columbus, L. / Peti, W. / Herrmann, T. / Etazady, T. / Klock, H. / Lesley, S. / Wuthrich, K. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: NMR structure determination of the conserved hypothetical protein TM1816 from Thermotoga maritima.
著者: Columbus, L. / Peti, W. / Etezady-Esfarjani, T. / Herrmann, T. / Wuthrich, K.

履歴

登録	2004年4月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1t3v.cif.gz	814.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1t3v.ent.gz	682.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1t3v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1t3v_validation.pdf.gz	356.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1t3v_full_validation.pdf.gz	487.2 KB	表示
XML形式データ	1t3v_validation.xml.gz	39.2 KB	表示
CIF形式データ	1t3v_validation.cif.gz	69 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/1t3v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/1t3v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3hyf-d 4aky-1 3pru-3 1b5l-d 4rtw-d 1pw6-2 4l1u-4 2vvx-2 2vvx-3 4tpv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 283669

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: conserved hypothetical protein

13.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	22 / 80	lowest target function
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	conserved hypothetical protein 分子量: 13648.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: TM1816 / プラスミド: pET-25b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 RIL(DE3) / 参照: UniProt: Q9X2D6

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 2 mM TM1816 U-15N,13C; 20mM phosphate buffer / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 20 mM sodium phpshate / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 313 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	600	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	800	2

-
解析

NMR software

名称	分類
Amber	精密化
DYANA	構造決定
XwinNMR	collection
XEASY	データ解析

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: lowest target function
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 22

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)