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万見
- PDB-1t3e: Structural basis of dynamic glycine receptor clustering -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t3e
タイトルStructural basis of dynamic glycine receptor clustering
要素
  • 49-mer fragment of Glycine receptor beta chain
  • Gephyrin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/SIGNALING PROTEIN / alfa-beta / STRUCTURAL PROTEIN-SIGNALING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / Molybdenum cofactor biosynthesis / glycine-gated chloride channel complex / molybdopterin cofactor biosynthetic process / glycine receptor clustering / molybdopterin adenylyltransferase / molybdopterin adenylyltransferase activity / chemical synaptic transmission, postsynaptic / establishment of synaptic specificity at neuromuscular junction / molybdopterin molybdotransferase ...Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / Molybdenum cofactor biosynthesis / glycine-gated chloride channel complex / molybdopterin cofactor biosynthetic process / glycine receptor clustering / molybdopterin adenylyltransferase / molybdopterin adenylyltransferase activity / chemical synaptic transmission, postsynaptic / establishment of synaptic specificity at neuromuscular junction / molybdopterin molybdotransferase / molybdopterin molybdotransferase activity / postsynaptic specialization / acrosome reaction / gamma-aminobutyric acid receptor clustering / nitrate reductase activity / inhibitory synapse / extracellularly glycine-gated ion channel activity / righting reflex / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / synaptic transmission, glycinergic / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / glycinergic synapse / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / response to metal ion / postsynaptic specialization membrane / adult walking behavior / molybdopterin cofactor binding / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / neuromuscular process / neurotransmitter receptor activity / glycine binding / postsynaptic specialization, intracellular component / startle response / GABA-ergic synapse / transmembrane transporter complex / regulation of postsynaptic membrane potential / neuropeptide signaling pathway / protein targeting / monoatomic ion transport / monoatomic ion transmembrane transport / chloride transmembrane transport / synapse assembly / visual perception / tubulin binding / synaptic membrane / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / regulation of membrane potential / establishment of protein localization / cytoplasmic side of plasma membrane / transmembrane signaling receptor activity / protein-macromolecule adaptor activity / nervous system development / postsynapse / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / perikaryon / molecular adaptor activity / postsynaptic density / cytoskeleton / neuron projection / signaling receptor binding / neuronal cell body / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Glycine receptor beta / Molybdopterin biosynthesis moeA protein; domain 3 / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 3. / Beta-clip / MoeA, C-terminal, domain IV / Molybdenum cofactor biosynthesis proteins signature 2. / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 / Molybdenum cofactor biosynthesis proteins signature 1. ...: / : / Glycine receptor beta / Molybdopterin biosynthesis moeA protein; domain 3 / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 3. / Beta-clip / MoeA, C-terminal, domain IV / Molybdenum cofactor biosynthesis proteins signature 2. / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 / Molybdenum cofactor biosynthesis proteins signature 1. / MoeA, N-terminal and linker domain / MoeA, C-terminal, domain IV / MoeA, N-terminal and linker domain superfamily / MoeA, C-terminal, domain IV superfamily / Molybdopterin biosynthesis protein MoeA-like / MoeA N-terminal region (domain I and II) / MoeA C-terminal region (domain IV) / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 / Molybdenum cofactor biosynthesis, conserved site / MoaB/Mog-like domain / Molybdenum Cofactor Biosythetic Enzyme; Chain A / MoaB/Mog domain / MoaB/Mog-like domain superfamily / Probable molybdopterin binding domain / Probable molybdopterin binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Beta Complex / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycine receptor subunit beta / Gephyrin
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Sola, M. / Bavro, V.N. / Timmins, J. / Franz, T. / Ricard-Blum, S. / Schoehn, G. / Ruigrok, R.W.H. / Paarmann, I. / Saiyed, T. / O'Sullivan, G.A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: Structural basis of dynamic glycine receptor clustering by gephyrin
著者: Sola, M. / Bavro, V.N. / Timmins, J. / Franz, T. / Ricard-Blum, S. / Schoehn, G. / Ruigrok, R.W.H. / Paarmann, I. / Saiyed, T. / O'Sullivan, G.A. / Schmitt, B. / Betz, H. / Weissenhorn, W.
履歴
登録2004年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gephyrin
B: Gephyrin
P: 49-mer fragment of Glycine receptor beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,79311
ポリマ－97,0243
非ポリマー7698
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)161.547, 161.547, 126.252
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B
71A
81B
91A
101B
111A
121B
131A
141B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHETYRTYRAA321 - 3606 - 45
21PHEPHETYRTYRBB321 - 3606 - 45
32ARGARGASNASNAA466 - 512151 - 197
42ARGARGASNASNBB466 - 512151 - 197
53ASPASPASPASPAA524 - 613209 - 298
63ASPASPASPASPBB524 - 613209 - 298
74ARGARGTRPTRPAA618 - 680303 - 365
84ARGARGTRPTRPBB618 - 680303 - 365
95PROPROALAALAAA685 - 689370 - 374
105PROPROALAALABB685 - 689370 - 374
116LEULEUTHRTHRAA709 - 716394 - 401
126LEULEUTHRTHRBB709 - 716394 - 401
137LEULEULEULEUAA722 - 736407 - 421
147LEULEULEULEUBB722 - 736407 - 421

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要素

#1: タンパク質 Gephyrin / Putative glycine receptor-tubulin linker protein


分子量: 45947.734 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: GPHN,GPH / プラスミド: pRSET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q03555
#2: タンパク質・ペプチド 49-mer fragment of Glycine receptor beta chain / Glycine receptor 58 kDa subunit


分子量: 5128.798 Da / 分子数: 1 / 断片: Gephyrin binding region (residues 378-426) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 解説: modified with a TEV site / 遺伝子: GLRB / プラスミド: pMAL / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P20781
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Li2SO4, pH 6., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.25→50 Å / Num. obs: 27162 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 3.25→3.33 Å / Rmerge(I) obs: 0.494 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 11074 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.1.24精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Unbound gephyrin (not published)

解像度: 3.25→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / SU B: 27.098 / SU ML: 0.448 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.372 / ESU R Free: 0.484
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30306 1446 5.1 %RANDOM
Rwork0.24285 ---
all0.2458 28617 --
obs0.2458 27162 97.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.726 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.82 Å23.41 Å20 Å2
2--6.82 Å20 Å2
3----10.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6203 0 40 0 6243
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0226357
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2371.9838651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0235816
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21003
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024783
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.23081
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1820.2237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2130.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0090.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.831.54096
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.50726640
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.10832261
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1044.52011
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1048tight positional0.040.05
960medium positional0.330.5
1048tight thermal0.060.5
960medium thermal0.372
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.334 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.406 107
Rwork0.336 1977
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.0879-0.02290.32362.66830.14791.5790.0434-0.08340.02010.3340.0023-0.158-0.12270.1016-0.04570.3942-0.01080.02710.19360.00080.3748.0131144.06814.3138
25.48052.53271.02133.66672.37875.3398-0.35690.3170.23550.07590.31910.0375-0.04270.00630.03780.1059-0.02160.07660.20780.01110.4588-3.583186.5205-20.6361
34.6561.17562.18434.7928-0.02322.72470.0287-0.06990.2928-0.18580.0407-0.6496-0.63530.5358-0.06950.3251-0.18310.13290.2681-0.0130.558923.0682143.5286-3.3591
40.7309-0.3410.62092.4798-0.60581.1620.01340.0086-0.2046-0.16450.04820.17180.05710.0067-0.06160.27540.02110.02480.15290.00120.4104-3.0624116.7752-9.5225
55.87147.1408-1.43998.20973.48518.34970.1271-0.3532-0.53871.2379-0.3134-1.0097-0.27351.15940.18630.65130.0689-0.39110.1020.11680.499216.2022171.846320.4616
63.05940.3433-0.15390.99020.14026.5881-0.0909-0.1562-0.2061-0.15630.21-0.57440.6170.5168-0.11910.28530.11810.12830.2336-0.02830.534619.5985119.355-11.7177
7-0.3168-0.6982-0.81354.83731.0393-0.9665-0.4368-0.14570.1411-0.13190.55180.3499-0.16120.2078-0.1150.35150.03720.02610.3046-0.09250.3239-0.5446123.60410.9762
841.3633-66.6882-81.89787.164117.427128.66750.1537-0.2092-0.31754.302-1.9483-2.9421-6.1871.28491.79460.3584-0.0019-0.00340.360.00210.361919.1267124.3745-21.7937
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A318 - 342
2X-RAY DIFFRACTION1B343 - 369
3X-RAY DIFFRACTION1B459 - 495
4X-RAY DIFFRACTION1A496 - 653
5X-RAY DIFFRACTION2A370 - 458
6X-RAY DIFFRACTION3A654 - 697
7X-RAY DIFFRACTION3A700 - 736
8X-RAY DIFFRACTION4B318 - 342
9X-RAY DIFFRACTION4A343 - 369
10X-RAY DIFFRACTION4A459 - 495
11X-RAY DIFFRACTION4B496 - 653
12X-RAY DIFFRACTION5B370 - 430
13X-RAY DIFFRACTION5B445 - 458
14X-RAY DIFFRACTION6B654 - 736
15X-RAY DIFFRACTION7A2 - 8
16X-RAY DIFFRACTION7B1 - 5
17X-RAY DIFFRACTION8P301 - 305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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