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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1t2o | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Se-SrtA, C184-Ala | ||||||
![]() | sortase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Sortase / BETA BARREL / Transpeptidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / ion binding / peptide binding / manganese ion binding / calcium ion binding / magnesium ion binding / proteolysis 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zong, Y. / Bice, T.W. / Ton-That, H. / Schneewind, O. / Narayana, S.V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of Staphylococcus aureus sortase A and its substrate complex 著者: Zong, Y. / Bice, T.W. / Ton-That, H. / Schneewind, O. / Narayana, S.V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 91.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 440.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 454 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16555.402 Da / 分子数: 3 / 断片: Delta-N59 (residues 61-206) / 変異: C184A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: srt / プラスミド: Novagen pET 15b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: THE FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS |
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結晶化 | 温度: 300 K / pH: 6.35 詳細: Ammonium Sulfate, MES, Sodium Chloride, pH 6.35, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月20日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: NI MIRROR + NI FILTER / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.3→2.4 Å / Num. obs: 35415 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 23.2 Å2 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / % possible all: 99 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.53 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→17.71 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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