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万見
- PDB-1syl: Crystal structure of inactive mutant dUTPase complexed with subst... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1syl
タイトルCrystal structure of inactive mutant dUTPase complexed with substrate dUTP
要素Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
キーワードHYDROLASE / enzyme-ligand complex / jelly roll
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / protein homotrimerization / magnesium ion binding / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEOXYURIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Barabas, O. / Kovari, J. / Pongracz, V. / Wilmanns, M. / Vertessy, B.G.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural Insights into the Catalytic Mechanism of Phosphate Ester Hydrolysis by dUTPase
著者: Barabas, O. / Pongracz, V. / Kovari, J. / Wilmanns, M. / Vertessy, B.G.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Atomic resolution structure of Escherichia coli dUTpase determined ab initio
著者: Gonzalez, A. / Larsson, G. / Persson, R. / Cedergren-Zeppezauer, E.
履歴
登録2004年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42021年11月10日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0385
ポリマ－16,3021
非ポリマー7374
水3,009167
1
A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
ヘテロ分子

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
ヘテロ分子

A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,11515
ポリマ－48,9053
非ポリマー2,21012
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area13240 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area15420 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)76.421, 76.421, 100.259
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

TRS

21A-502-

TRS

31A-1015-

HOH

詳細The biological assembly is a hexamer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: 1-y,1+x-y,z and -x+y,1-x,z.

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要素

#1: タンパク質 Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / dUTPase / dUTP pyrophosphatase


分子量: 16301.631 Da / 分子数: 1 / 変異: D90N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: DUT / プラスミド: PET22B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06968, dUTP diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-DUT / DEOXYURIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dUTP


分子量: 468.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N2O14P3
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: PEG 3350, SODIUM ACETATE, TRIS, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8414 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年3月15日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: TRIANGULAR MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8414 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 13413 / Num. obs: 13413 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.88 % / Biso Wilson estimate: 32.959 Å2 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 14.97
反射 シェル解像度: 1.91→2.03 Å / 冗長度: 2.91 % / Mean I/σ(I) obs: 2.54 / Num. unique all: 2085 / Rsym value: 0.484 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EUW

1euw


解像度: 1.95→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 3.296 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The water molecule HOH107 is only partially occupied as indicated by its weak electron density and relatively high refined B-factor. ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The water molecule HOH107 is only partially occupied as indicated by its weak electron density and relatively high refined B-factor. However, the resolution of the structure did not allow sophisticated refinement of water occupancy.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1886 645 5 %RANDOM
Rwork0.15821 ---
all0.15971 12350 --
obs0.15971 12350 98.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.501 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8 Å2-0.4 Å20 Å2
2---0.8 Å20 Å2
3---1.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1035 0 37 167 1239
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0221101
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021029
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6862.0131497
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83832401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4575136
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2174
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02194
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.2154
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2570.21162
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.2691
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.240.2108
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.160.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2750.2129
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3660.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4662686
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.13741109
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it10.34420415
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it13.5550388
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.298 53
Rwork0.277 884

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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