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- PDB-1sy7: Crystal structure of the catalase-1 from Neurospora crassa, nativ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sy7
タイトルCrystal structure of the catalase-1 from Neurospora crassa, native structure at 1.75A resolution.
要素Catalase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Catalase / heme oxidation / singlet oxygen / Neurospora crassa
機能・相同性
機能・相同性情報


conidium formation / ascospore wall / catalase / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / extracellular region / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catalase, four-helical domain / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2 / Large catalase, C-terminal domain / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2, helical domain / Hemocyanin, N-terminal domain / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase ...Catalase, four-helical domain / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2 / Large catalase, C-terminal domain / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2, helical domain / Hemocyanin, N-terminal domain / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase core domain / Catalase, mono-functional, haem-containing / Catalase / catalase family profile. / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Catalase superfamily / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Up-down Bundle / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Catalase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Diaz, A. / Horjales, E. / Rudino-Pinera, E. / Arreola, R. / Hansberg, W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Unusual Cys-Tyr covalent bond in a large catalase
著者: Diaz, A. / Horjales, E. / Rudino-Pinera, E. / Arreola, R. / Hansberg, W.
履歴
登録2004年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 295 NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE ... NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG ATOMS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. CHAIN IDENTIFIERS GIVEN AS "?" REFER TO CHAINS FOR WHICH ATOMS ARE NOT FOUND IN THIS ENTRY. APPLIED TO TRANSFORMED TO TRANSFORM CHAIN RESIDUES CHAIN RESIDUES RMSD 1 A 39 .. 716 B 39 .. 716 0.022
Remark 600HETEROGEN THIS STRUCTURE PRESENTS AN ALTERNATE CONFORMATION OF THE HEME GROUP BETWEEN HEME B (HEM, ...HETEROGEN THIS STRUCTURE PRESENTS AN ALTERNATE CONFORMATION OF THE HEME GROUP BETWEEN HEME B (HEM, ALTERNATE CONFORMER A) AND HEME D (HDD, ALTERNATE CONFORMER B).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catalase 1
B: Catalase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,0176
ポリマ－160,5192
非ポリマー2,4984
水31,0761725
1
A: Catalase 1
B: Catalase 1
ヘテロ分子

A: Catalase 1
B: Catalase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)326,03412
ポリマ－321,0384
非ポリマー4,9968
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area55560 Å2
ΔGint-319 kcal/mol
Surface area77320 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)130.007, 182.242, 90.364
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 133.41, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99523151, -0.00087905, 0.09753705), (0.00089592, -0.99999958, 0.00012913), (0.0975369, 0.00021589, 0.99523187)
ベクター: -0.04701458, -0.79932737, 0.01917373)
詳細The biological unit is a homo-tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit. To generate the tetramer (biological unit) apply the following matrix to chains A and B: -1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000

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要素

#1: タンパク質 Catalase 1


分子量: 80259.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neurospora crassa (菌類) / 株: 74-ORS23-1A / 参照: UniProt: Q9C168, catalase
#2: 化合物 ChemComp-HDD / CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE / HEME


分子量: 632.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O5
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1725 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: Ammonium sulfate, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.782 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月20日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.782 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→51.09 Å / Num. all: 153020 / Num. obs: 153020 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 17.5 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.75→1.86 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 20575 / Rsym value: 0.326 / % possible all: 89.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GGE

1gge


解像度: 1.75→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 2990881.03 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE SULFUR ATOM OF THE RESIDUE CYS 356 FORMS AN UNUSUAL BOND WITH THE C BETA ATOM FROM RESIDUE TYR 379
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 13616 10 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.183 136420 89 %-
all-136420 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 66.1702 Å2 / ksol: 0.377236 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.44 Å20 Å2-1.45 Å2
2---3.43 Å20 Å2
3----3.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11050 0 174 1725 12949
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.19
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.981.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.412
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.62.5
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 2244 9.8 %
Rwork0.274 20575 -
obs-136420 89.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3HEMO-D.PARAMHEMO-D.TOP
X-RAY DIFFRACTION4HEMO-B.PARAMHEMO-B.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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