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- PDB-1sxq: BGT in complex with a 13mer DNA containing a central C:G base pai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sxq
タイトルBGT in complex with a 13mer DNA containing a central C:G base pair and UDP
要素
  • 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
  • 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
  • DNA beta-glucosyltransferase
キーワードTRANSFERASE/DNA / flipped-out base / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA beta-glucosyltransferase / DNA beta-glucosyltransferase activity / symbiont-mediated evasion of host restriction-modification system / DNA modification / symbiont-mediated suppression of host innate immune response
類似検索 - 分子機能
DNA beta-glucosyltransferase, bacteriophage / Bacteriophage T4 beta-glucosyltransferase / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA beta-glucosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Lariviere, L. / Morera, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural evidence of a passive base flipping mechanism for {beta}-Glucosyltransferase
著者: Lariviere, L. / Morera, S.
履歴
登録2004年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
E: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
D: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
F: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
A: DNA beta-glucosyltransferase
B: DNA beta-glucosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,1238
ポリマ－97,3146
非ポリマー8082
水19,4381079
1
C: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
E: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
A: DNA beta-glucosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0614
ポリマ－48,6573
非ポリマー4041
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
F: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
B: DNA beta-glucosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0614
ポリマ－48,6573
非ポリマー4041
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.652, 70.157, 96.581
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'


分子量: 3988.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'


分子量: 3948.622 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 DNA beta-glucosyltransferase / BGT


分子量: 40719.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: BGT, BETA-GT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04547, DNA beta-glucosyltransferase
#4: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1079 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 5000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月9日 / 詳細: 0.97
放射モノクロメーター: 0.97 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 90030 / Num. obs: 90030 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rsym value: 0.336 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.212 4524 RANDOM
Rwork0.183 --
all-90030 -
obs-90030 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5826 1054 50 1079 8009
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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