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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sx1 | ||||||
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タイトル | Solution NMR Structure and X-ray Absorption Analysis of the C-Terminal Zinc-Binding Domain of the SecA ATPase | ||||||
![]() | SecA | ||||||
![]() | PROTEIN TRANSPORT / zinc / metal ion / tetrahedral coordination / no secondary structure / structural zinc coordination | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
![]() | Dempsey, B.R. / Wrona, M. / Moulin, J.M. / Gloor, G.B. / Jalilehvand, F. / Lajoie, G. / Shaw, G.S. / Shilton, B.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Solution NMR Structure and X-ray Absorption Analysis of the C-Terminal Zinc-Binding Domain of the SecA ATPase. 著者: Dempsey, B.R. / Wrona, M. / Moulin, J.M. / Gloor, G.B. / Jalilehvand, F. / Lajoie, G. / Shaw, G.S. / Shilton, B.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 117.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 81.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 339.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 444.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2425.836 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal Zinc Binding Domain / 由来タイプ: 合成 詳細: Solid phase peptide synthesis, N-terminally acetylated. The sequence of this peptide naturally exists in ESCHERICHIA COLI. |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard two-dimensional 1H NMR techniques. This set of structures is the calculation of the final fold of the domain using restraints for zinc coordination ...Text: This structure was determined using standard two-dimensional 1H NMR techniques. This set of structures is the calculation of the final fold of the domain using restraints for zinc coordination based on EXAFS data for this domain. A second set of structures has been deposited that shows the calculation of the initial fold of the ZBD without using zinc restraints. For remark 500: The bond length is specificed by CNS and not a problem with the structure refinement. |
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試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: structures based on 317 restraints, 274 are NOE-derived distance restraints, 33 are dihedral angle restraints, and 10 are restraints for the tetrahedral coordination of zinc by 3Cys and 1 His. | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |