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万見
- PDB-1svz: Crystal structure of the single-chain Fv fragment 1696 in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1svz
タイトルCrystal structure of the single-chain Fv fragment 1696 in complex with the epitope peptide corresponding to N-terminus of HIV-2 protease
要素
  • epitope peptide corresponding to N-terminus of HIV-2 protease
  • single-chain Fv fragment 1696
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody-antigen complex / HIV inhibiting antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / antigen binding / adaptive immune response / immune response / extracellular space
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig kappa chain V-II region 26-10
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Rezacova, P. / Brynda, J. / Lescar, J. / Bentley, G.A. / Fabry, M. / Horejsi, M. / Sedlacek, J.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of a cross-reaction complex between an anti-HIV-1 protease antibody and an HIV-2 protease peptide
著者: Rezacova, P. / Brynda, J. / Lescar, J. / Fabry, M. / Horejsi, M. / Sieglova, I. / Sedlacek, J. / Bentley, G.A.
履歴
登録2004年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: single-chain Fv fragment 1696
B: single-chain Fv fragment 1696
C: epitope peptide corresponding to N-terminus of HIV-2 protease
D: epitope peptide corresponding to N-terminus of HIV-2 protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8804
ポリマ－55,8804
非ポリマー00
水6,395355
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.184, 56.413, 88.304
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.13, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 single-chain Fv fragment 1696 / IgG1/kappa antibody / IMMUNOGLOBULIN


分子量: 26876.650 Da / 分子数: 2 / 断片: scFv1696 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
解説: T7 promoter-driven plasmid, inclusion bodies production followed by protein in vitro refolding
生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P01631
#2: タンパク質・ペプチド epitope peptide corresponding to N-terminus of HIV-2 protease


分子量: 1063.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: octapeptide PQFSLWKR
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.1 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: protein concentration 14mg/ml, 0.05M tri-sodium citrate, 0.1M sodium phosphate, 27% PEG 3400, 0.2M ammonium sulfate, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月14日
放射モノクロメーター: sagitally focused Ge / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→30 Å / Num. all: 35996 / Num. obs: 34737 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 19.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 16.88
反射 シェル解像度: 1.88→1.99 Å / Rmerge(I) obs: 0.595 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 77.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JP5

1jp5


解像度: 1.89→19.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1358407.78 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 1621 5 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.1961 32745 95.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 71.3367 Å2 / ksol: 0.351579 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.48 Å20 Å26.35 Å2
2---0.97 Å20 Å2
3----0.51 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→19.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3793 0 0 355 4148
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.729
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg3.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d4.07
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.81.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.742
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.462.5
LS精密化 シェル解像度: 1.89→2 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 229 5.2 %
Rwork0.315 4201 -
obs--77.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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