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- PDB-1svv: Initial Stuctural Analysis of Leishmania major Threonine Aldolase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1svv
タイトルInitial Stuctural Analysis of Leishmania major Threonine Aldolase
要素THREONINE ALDOLASE
キーワードLYASE / structural genomics / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / SGPP / Protein Structure Initiative / PSI / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine biosynthetic process / L-allo-threonine aldolase activity / threonine catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase / Beta-eliminating lyase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex ...Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase / Beta-eliminating lyase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / Putative beta eliminating lyase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hol, W.G.J. / Robien, M.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Initial Structural Analysis of Leishmania major Threonine Aldolase
著者: Hol, W.G.J. / Robien, M.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium
履歴
登録2004年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 400COMPOUND THE SGPP ID FOR THIS PROTEIN IS LMAJ008024AAA.
Remark 600HETEROGEN THE IDENTITY OF THE COORDINATING METAL IS UNCERTAIN AND IS LABELLED AS HET GROUP UNL, ...HETEROGEN THE IDENTITY OF THE COORDINATING METAL IS UNCERTAIN AND IS LABELLED AS HET GROUP UNL, UNKNOWN LIGAND; THE SITE WAS MODELED AS MANGANESE IN VIEW OF THE OBSERVED ANOMALOUS SIGNAL AND ELECTRON DENSITY AT THESE SITES, THE COORDINATE TEMPERATURE FACTORS, AND SIMILARITY TO SIMILAR MN LIGATION GEOMETRY; OTHER POSSIBILITIES, ESPECIALLY A PARTIAL OCCUPANCY ZN(II) WOULD BE GOOD ALTERNATIVES WHICH REMAIN UNDER INVESTIGATION.
Remark 999SEQUENCE THE SEQUENCE IS ALSO AVAILABLE THROUGH PIR ENTRY T02833.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THREONINE ALDOLASE
B: THREONINE ALDOLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,8524
ポリマ－79,8522
非ポリマー02
水2,162120
1
A: THREONINE ALDOLASE
B: THREONINE ALDOLASE

A: THREONINE ALDOLASE
B: THREONINE ALDOLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,7038
ポリマ－159,7034
非ポリマー04
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area14680 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area45850 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)119.094, 119.094, 129.597
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: 1-y, 1-x, 1/2-z

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要素

#1: タンパク質 THREONINE ALDOLASE


分子量: 39925.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
遺伝子: L4171.5 / プラスミド: PET14B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21STAR/DE3
参照: UniProt: O15839, UniProt: E9AC39*PLUS, L-threonine aldolase
#2: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7.5
詳細: PEG8000, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9794, 0.9494, 0.9797
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月26日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.94941
30.97971
反射解像度: 2.1→19.58 Å / Num. obs: 54773 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→19.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 4.431 / SU ML: 0.116 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Hydrogens have been added in the riding positions. An unidentified electron density feature remains in the final model, bounded approximately by residues Y45, G74, T76, H100, Y211, T215, ...詳細: Hydrogens have been added in the riding positions. An unidentified electron density feature remains in the final model, bounded approximately by residues Y45, G74, T76, H100, Y211, T215, E223, A248 and K216. This density does not appear to closely resemble any known components of the current crystallization experiment nor the covalently modified K203 observed in the structure of 1JG8.pdb, a sequence homolog of the current entry.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22968 2778 5.1 %RANDOM
Rwork0.19767 ---
obs0.19927 51943 99.85 %-
all-51945 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.534 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5186 0 2 120 5308
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0215288
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024863
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2661.9537169
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.781311283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6135680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2829
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025901
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021024
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.2968
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2270.25263
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.22993
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1170.2137
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1470.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2120.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.270.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0920.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.96243382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.19665403
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.49861906
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.83101766
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.212 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.308 396
Rwork0.265 7382
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.59960.34950.41120.94280.52941.09890.0048-0.1280.09810.0818-0.02960.0482-0.06530.00960.02490.0818-0.02190.01080.0785-0.04710.091591.366550.278951.9711
20.70.12550.1040.51520.02171.115-0.08660.1390.2871-0.23390.02910.1373-0.49280.0570.05750.3107-0.0475-0.0650.01350.03740.15286.840365.340922.3395
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 354
2X-RAY DIFFRACTION2B15 - 356

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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