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万見
- PDB-1su9: Reduced structure of the soluble domain of ResA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1su9
タイトルReduced structure of the soluble domain of ResA
要素Thiol-disulfide oxidoreductase resA
キーワードOXIDOREDUCTASE / Thioredoxin-like Domain / Alpha-Beta Protein / Soluble Domain / Membrane Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome complex assembly / disulfide oxidoreductase activity / antioxidant activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Thiol-disulphide oxidoreductase ResA / : / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Thiol-disulphide oxidoreductase ResA / : / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thiol-disulfide oxidoreductase ResA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Crow, A. / Acheson, R.M. / Le Brun, N.E. / Oubrie, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural Basis of Redox-coupled Protein Substrate Selection by the Cytochrome c Biosynthesis Protein ResA.
著者: Crow, A. / Acheson, R.M. / Le Brun, N.E. / Oubrie, A.
履歴
登録2004年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiol-disulfide oxidoreductase resA
B: Thiol-disulfide oxidoreductase resA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8842
ポリマ－31,8842
非ポリマー00
水5,405300
1
A: Thiol-disulfide oxidoreductase resA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9421
ポリマ－15,9421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Thiol-disulfide oxidoreductase resA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9421
ポリマ－15,9421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.522, 59.653, 110.061
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Biological unit is a monomer of ResA

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要素

#1: タンパク質 Thiol-disulfide oxidoreductase resA


分子量: 15942.131 Da / 分子数: 2 / 断片: Soluble Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: RESA, BSU23150 / プラスミド: pRAN11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P35160
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.4 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 27-32% PEG4000, 0.2M Ammonium Acetate, 0.1M Sodium Citrate pH 5.8, 40mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→26.2 Å / Num. all: 23398 / Num. obs: 23398 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 17 % / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 2262 / Rsym value: 0.273 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Oxidised structure of ResA (PDB code: 1ST9) with all cysteines mutated to alanine.

1st9


解像度: 1.95→26.2 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: maximum likelihood
詳細: 5% of the data was used for validation (ie as an 'Rfree') throughout, but upon completion of the model (Rfree=21.19, Rwork=18.31),an additional round of refinement using all data, including ...詳細: 5% of the data was used for validation (ie as an 'Rfree') throughout, but upon completion of the model (Rfree=21.19, Rwork=18.31),an additional round of refinement using all data, including reflections marked as Rfree in the sf file, was performed to give a final crystallographic Rfactor (Rcryst=18.09).
Rfactor反射数%反射
Rwork0.181 --
obs0.181 23330 99.6 %
all-23420 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→26.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2157 0 0 300 2457

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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