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- PDB-1su3: X-ray structure of human proMMP-1: New insights into collagenase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1su3
タイトルX-ray structure of human proMMP-1: New insights into collagenase action
要素Interstitial collagenase
キーワードHYDROLASE / Prodomain / Hemopexin domain / exocite / Structural Proteomics in Europe / SPINE / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


interstitial collagenase / cellular response to UV-A / Basigin interactions / Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / extracellular matrix ...interstitial collagenase / cellular response to UV-A / Basigin interactions / Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / extracellular matrix / positive regulation of protein-containing complex assembly / metalloendopeptidase activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / peptidase activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
4 Propeller / Hemopexin / Hemopexin-like domain / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidoglycan binding-like / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats ...4 Propeller / Hemopexin / Hemopexin-like domain / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidoglycan binding-like / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Putative peptidoglycan binding domain / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / PGBD-like superfamily / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interstitial collagenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Jozic, D. / Bourenkov, G. / Lim, N.H. / Nagase, H. / Bode, W. / Maskos, K. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: X-ray structure of human proMMP-1: new insights into procollagenase activation and collagen binding.
著者: Jozic, D. / Bourenkov, G. / Lim, N.H. / Visse, R. / Nagase, H. / Bode, W. / Maskos, K.
履歴
登録2004年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interstitial collagenase
B: Interstitial collagenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,24224
ポリマ－103,8242
非ポリマー1,41822
水6,702372
1
A: Interstitial collagenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,35810
ポリマ－51,9121
非ポリマー4469
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Interstitial collagenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,88414
ポリマ－51,9121
非ポリマー97213
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Interstitial collagenase
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)423,074112
ポリマ－415,2978
非ポリマー7,777104
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-y,x-1,z1
crystal symmetry operation4_655y+1,-x,z1
crystal symmetry operation5_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation6_545x,-y-1,-z1
crystal symmetry operation7_645y+1,x-1,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area23050 Å2
ΔGint-910 kcal/mol
Surface area141570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.746, 142.746, 295.308
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Interstitial collagenase / Matrix metalloproteinase-1 / MMP-1 / Fibroblast collagenase


分子量: 51912.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MMP1, CLG / プラスミド: pET3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03956, interstitial collagenase

-
非ポリマー , 7種, 394分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.04 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.5M Li2SO4, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.28200, 1.28380, 1.0500
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.2821
21.28381
31.051
反射解像度: 2.02→20 Å / Num. obs: 72595 / 冗長度: 5.46 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 27.26
反射 シェル最高解像度: 2.02 Å / 冗長度: 5.46 % / Mean I/σ(I) obs: 27.26 / Rsym value: 0.07

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 4.229 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25233 3885 5.1 %RANDOM
Rwork0.22269 ---
obs0.22422 72595 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.405 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6674 0 53 372 7099
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0216899
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025878
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2691.9349358
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.789313702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3765823
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2933
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027751
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021530
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.21407
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2350.26975
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.23924
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2170.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.150.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2650.288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4250.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7361.54121
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.35726612
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.85432778
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0254.52746
LS精密化 シェル解像度: 2.201→2.258 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.25 299
Rwork0.226 5241
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0052-0.08470.04410.1880.16660.0539-0.06580.03610.01750.07450.0998-0.23030.09760.123-0.0340.257000.25700.25757.429-28.87257.066
20.0472-0.01280.13680.89830.99260.4993-0.02790.05440.0459-0.0593-0.09940.01210.136-0.1540.12730.2114-0.06090.04560.1529-0.01960.135139.844-33.96652.096
30.13960.02560.11881.93270.43590.3126-0.01410.04840.14240.2927-0.068-0.1386-0.0926-0.0730.08210.2060.05050.11990.07370.09010.129840.864-0.90353.246
46.6562-1.16450.9226-0.91070.9802-0.20750.10810.37440.0261-0.239-0.17540.53150.2237-0.34950.06730.2571-0.000100.25700.2579.553-88.13613.935
52.1001-0.71180.04721.3519-0.57681.6062-0.02910.07070.0127-0.1193-0.0814-0.0030.05620.07070.11040.14940.00740.03470.11610.00030.078632.404-92.91315.819
61.43980.5013-0.07422.03840.53351.1872-0.007-0.13140.1157-0.0592-0.08160.31990.0018-0.00910.08860.12220.00550.01960.1347-0.0640.104123.115-57.30323.615
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA32 - 9813 - 79
2X-RAY DIFFRACTION2AA107 - 27088 - 251
3X-RAY DIFFRACTION3AA271 - 465252 - 446
4X-RAY DIFFRACTION4BB32 - 9813 - 79
5X-RAY DIFFRACTION5BB107 - 27088 - 251
6X-RAY DIFFRACTION6BB271 - 465252 - 446

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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