+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sts | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | STREPTAVIDIN DIMERIZED BY DISULFIDE-BONDED PEPTIDE FCHPQNT-NH2 DIMER | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | COMPLEX (GLYCOPROTEIN/PEPTIDE) / COMPLEX (GLYCOPROTEIN-PEPTIDE) / COMPLEX (GLYCOPROTEIN-PEPTIDE) complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces avidinii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Katz, B.A. / Cass, R.T. / Liu, B. / Arze, R. / Collins, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995 タイトル: Topochemical catalysis achieved by structure-based ligand design. 著者: Katz, B.A. / Cass, R.T. / Liu, B. / Arze, R. / Collins, N. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sts.cif.gz | 81.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1sts.ent.gz | 61.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sts.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/1sts ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/1sts | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Atom site foot note | 1: LYS B 134 - PRO B 135 OMEGA = 143.60 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-1, -0.029, -0.004), ベクター: 詳細 | MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 B 13 .. B 135 D 13 .. D 133 1.070 NONCRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD RELATING PROTOMERS OF THE STREPTAVIDIN TETRAMER SYMMETRY THE CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS PRESENTED BELOW GENERATE THE SUBUNITS OF THE POLYMERIC MOLECULE. APPLIED TO RESIDUES: B 13 .. 135 APPLIED TO RESIDUES: D 13 .. 133 APPLIED TO RESIDUES: M 2 .. 7 APPLIED TO RESIDUES: P 1 .. 7 STREPTAVIDIN IS A TETRAMERIC PROTEIN. THE CRYSTALLOGRAPHIC TRANSFORMATION GIVEN HERE GENERATES THE TETRAMER FROM THE DIMER FOUND IN THE ASYMMETRIC UNIT OF THE CRYSTALS. SYMMETRY1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 1 0.000000 -1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 1 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000 | |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12965.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces avidinii (バクテリア) / 参照: UniProt: P22629 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 844.937 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.49 % | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | *PLUS pH: 4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
---|---|
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.74→50 Å / Num. obs: 20222 / % possible obs: 72.2 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.089 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 46268 / Rmerge(I) obs: 0.089 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.95→7.5 Å / σ(F): 1.5 詳細: CRYST1 CELL AXES CHOSEN TO CORRESPOND TO COORDINATES OF STREPTAVIDIN DEPOSITED BY WEBER ET AL. (PDB ENTRY 1PTS). SYMMETRY OPERATIONS FOR NON-STANDARD SETTING: SYMMETRY OPERATIONS ARE STANDARD.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→7.5 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|