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万見
- PDB-1stm: SATELLITE PANICUM MOSAIC VIRUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1stm
タイトルSATELLITE PANICUM MOSAIC VIRUS
要素SATELLITE PANICUM MOSAIC VIRUS
キーワードVIRUS / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Potexvirus coat protein / Satellite virus coat / Satellite virus coat domain / Satellite virus coat domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Panicum mosaic satellite virus (ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ban, N. / McPherson, A.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: The structure of satellite panicum mosaic virus at 1.9 A resolution.
著者: Ban, N. / McPherson, A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Characterization of Crystals of Satellite Panicum Mosaic Virus
著者: Day, J. / Ban, N. / Patel, S. / Larson, S.B. / McPherson, A.
履歴
登録1995年7月12日処理サイト: BNL
改定 1.01997年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: SATELLITE PANICUM MOSAIC VIRUS
B: SATELLITE PANICUM MOSAIC VIRUS
C: SATELLITE PANICUM MOSAIC VIRUS
D: SATELLITE PANICUM MOSAIC VIRUS
E: SATELLITE PANICUM MOSAIC VIRUS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,9165
ポリマ－84,9165
非ポリマー00
水5,909328
1
A: SATELLITE PANICUM MOSAIC VIRUS
B: SATELLITE PANICUM MOSAIC VIRUS
C: SATELLITE PANICUM MOSAIC VIRUS
D: SATELLITE PANICUM MOSAIC VIRUS
E: SATELLITE PANICUM MOSAIC VIRUS
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,018,98960
ポリマ－1,018,98960
非ポリマー00
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation11
2
A: SATELLITE PANICUM MOSAIC VIRUS


  • icosahedral asymmetric unit
  • 17 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9831
ポリマ－16,9831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • icosahedral pentamer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: SATELLITE PANICUM MOSAIC VIRUS
E: SATELLITE PANICUM MOSAIC VIRUS

A: SATELLITE PANICUM MOSAIC VIRUS
B: SATELLITE PANICUM MOSAIC VIRUS

A: SATELLITE PANICUM MOSAIC VIRUS
C: SATELLITE PANICUM MOSAIC VIRUS
D: SATELLITE PANICUM MOSAIC VIRUS


  • icosahedral 23 hexamer
  • 119 kDa, 7 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,8827
ポリマ－118,8827
非ポリマー00
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation2
5
A: SATELLITE PANICUM MOSAIC VIRUS


  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
  • 17 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9831
ポリマ－16,9831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6


  • 登録構造と同一
  • crystal asymmetric unit, crystal frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)183.000, 183.000, 183.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number208
Space group name H-MP4232
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2given(0.30901699, -0.80901699, 0.5), (0.80901699, 0.5, 0.30901699), (-0.5, 0.30901699, 0.80901699)
3given(-0.80901699, -0.5, 0.30901699), (0.5, -0.30901699, 0.80901699), (-0.30901699, 0.80901699, 0.5)
4given(-0.80901699, 0.5, -0.30901699), (-0.5, -0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, 0.5)
5given(0.30901699, 0.80901699, -0.5), (-0.80901699, 0.5, 0.30901699), (0.5, 0.30901699, 0.80901699)

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要素

#1: タンパク質
SATELLITE PANICUM MOSAIC VIRUS / SPMV


分子量: 16983.158 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Panicum mosaic satellite virus (ウイルス)
参照: UniProt: Q86993
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.08 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
130 %satammonium salfate1reservoir
210 mg/mlvirus solution1drop
320 mMpotassium phosphate1drop
430 %satammonium salfate1drop

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年1月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 82620 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 16 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / Num. measured all: 1788746 / Rmerge(I) obs: 0.119

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
SDMSデータ削減
SDMSデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 1.9→30 Å / σ(F): 3 /
Rfactor反射数
Rwork0.21 -
obs0.21 74807
原子変位パラメータBiso mean: 14.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1061 0 0 82 1143
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.991
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.21 / Rfactor Rwork: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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