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万見
- PDB-1ssh: Crystal structure of the SH3 domain from a S. cerevisiae hypothet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ssh
タイトルCrystal structure of the SH3 domain from a S. cerevisiae hypothetical 40.4 kDa protein in complex with a peptide
要素
  • 12-mer peptide from Cytoskeleton assembly control protein SLA1
  • Hypothetical 40.4 kDa protein in PES4-HIS2 intergenic region
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / SH3 domain / yeast / structural genomics / protein-peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


actin cytoskeleton-regulatory complex / SLAC complex / cargo adaptor activity / RND2 GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / actin cortical patch localization / actin cortical patch assembly / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / actin cortical patch ...actin cytoskeleton-regulatory complex / SLAC complex / cargo adaptor activity / RND2 GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / actin cortical patch localization / actin cortical patch assembly / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / actin cortical patch / regulation of actin filament polymerization / cellular bud neck / mating projection tip / actin filament bundle assembly / phosphatidylinositol binding / ubiquitin binding / cell wall organization / endocytosis / actin filament binding / actin binding / cell cortex / endosome membrane / mitochondrion / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SH3YL1-like, SYLF domain / : / Ysc84 actin-binding domain / Las17-binding protein actin regulator / SLA1 homology domain 1, SHD1 / Sla1, first SH3 domain / Sla1, third SH3 domain / SLA1 homology domain 1, SHD1 / Variant SH3 domain / SH3 Domains ...SH3YL1-like, SYLF domain / : / Ysc84 actin-binding domain / Las17-binding protein actin regulator / SLA1 homology domain 1, SHD1 / Sla1, first SH3 domain / Sla1, third SH3 domain / SLA1 homology domain 1, SHD1 / Variant SH3 domain / SH3 Domains / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / SH3 domain / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Actin cytoskeleton-regulatory complex protein SLA1 / LAS seventeen-binding protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Kursula, P. / Kursula, I. / Lehmann, F. / Song, Y.-H. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Yeast SH3 domain structural genomics
著者: Kursula, P. / Kursula, I. / Lehmann, F. / Song, Y.-H. / Wilmanns, M.
履歴
登録2004年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical 40.4 kDa protein in PES4-HIS2 intergenic region
B: 12-mer peptide from Cytoskeleton assembly control protein SLA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8032
ポリマ－7,8032
非ポリマー00
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area4580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.920, 33.920, 113.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-23-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical 40.4 kDa protein in PES4-HIS2 intergenic region


分子量: 6581.299 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)plysS / 参照: UniProt: P43603
#2: タンパク質・ペプチド 12-mer peptide from Cytoskeleton assembly control protein SLA1 / 12-residue peptide from Sla1


分子量: 1221.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic 12-aa peptide from yeast Sla1 / 参照: UniProt: P32790
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.94 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.9M sodium malonate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月19日
放射モノクロメーター: Si crystal, mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→20 Å / Num. obs: 13804 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 16.56
反射 シェル解像度: 1.4→1.5 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OOT

1oot


解像度: 1.4→18.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 1.245 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2025 691 5 %RANDOM
Rwork0.16326 ---
obs0.1652 13113 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 6.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6 Å20 Å20 Å2
2---0.6 Å20 Å2
3---1.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→18.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数556 0 0 107 663
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.022571
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02515
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5581.97776
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83131212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.772569
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02624
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02110
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.287
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2510.2535
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1990.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0710.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3080.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2020.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.333360
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0034585
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3554211
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6525191
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.351 50
Rwork0.341 946

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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