PDB-1ss3: Solution structure of Ole e 6, an allergen from olive tree pollen

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ss3

タイトル

Solution structure of Ole e 6, an allergen from olive tree pollen

要素

Pollen allergen Ole e 6

キーワード

ALLERGEN / alpha-helix protein

機能・相同性

Pollen allergen ole e 6 / Pollen allergen ole e 6 / Pollen allergen ole e 6 superfamily / Pollen allergen Ole e 6 / IgG binding / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Major pollen allergen Ole e 6

機能・相同性情報

生物種

Olea europaea (オリーブ)

手法

溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics

データ登録者

Trevino, M.A. / Garcia-Mayoral, M.F. / Barral, P. / Villalba, M. / Santoro, J. / Rico, M. / Rodriguez, R. / Bruix, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: NMR Solution Structure of Ole e 6, a Major Allergen from Olive Tree Pollen.
著者: Trevino, M.A. / Garcia-Mayoral, M.F. / Barral, P. / Villalba, M. / Santoro, J. / Rico, M. / Rodriguez, R. / Bruix, M.

履歴

登録	2004年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ss3.cif.gz	376.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ss3.ent.gz	326.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ss3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ss3_validation.pdf.gz	352.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ss3_full_validation.pdf.gz	496.4 KB	表示
XML形式データ	1ss3_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	1ss3_validation.cif.gz	32.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/1ss3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/1ss3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5t2r-1 1l8y-d 1urf-d 2lw1-d 5t2q-1 2lwr-d 1vvd-d 4c8v-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 6139chemical shifts

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pollen allergen Ole e 6

5.84 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	25 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Pollen allergen Ole e 6 分子量: 5843.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Olea europaea (オリーブ) / 遺伝子: OLE6 / プラスミド: pPIC9 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 his 4 / 参照: UniProt: O24172

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	DQF-COSY
1	4	2	2D NOESY
1	5	2	2D TOCSY
1	6	3	3D 15N-separated NOESY

NMR実験の詳細

Text: These structures were determined using standard 2D-NOE homonuclear techniques and 3D-NOE heteronuclear techniques

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	0.6 mM ole e 6; 95% H2O, 5% D2O	95% H2O/5% D2O
2	0.6 mM ole e 6; 100% D2O	100% D2O
3	1mM ole e 6 U-15N; 95% H2O, 5% D2O	95% H2O/5% D2O

試料状態

イオン強度: null / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 308 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	分類
XwinNMR	3.1	collection
XwinNMR	3.1	解析
ANSIG	3.3	データ解析
DYANA	1.5	構造決定
DYANA	1.5	精密化
Amber	7	精密化

精密化

手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 1428 unambigous NOEs, which leads to 900 upper limit distances. 486 relevant distance restraints, and 24 angle constraints were used. The best ...

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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