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万見
- PDB-1srr: CRYSTAL STRUCTURE OF A PHOSPHATASE RESISTANT MUTANT OF SPORULATIO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1srr
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A PHOSPHATASE RESISTANT MUTANT OF SPORULATION RESPONSE REGULATOR SPO0F FROM BACILLUS SUBTILIS
要素SPORULATION RESPONSE REGULATORY PROTEIN
キーワードREGULATORY PROTEIN / ASPARTATE POCKET / SPORULATION RESPONSE REGULATOR / TWO COMPONENT SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; リンを含む基を移すもの / sporulation resulting in formation of a cellular spore / phosphorelay signal transduction system / kinase activity / phosphorylation / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sporulation initiation phosphotransferase F
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / SINGLE ISOMORPHOUS, ANOMALOUS REPLACEMENT / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Madhusudan / Whiteley, J.M. / Hoch, J.A. / Zapf, J. / Xuong, N.H. / Varughese, K.I.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of a phosphatase-resistant mutant of sporulation response regulator Spo0F from Bacillus subtilis.
著者: Madhusudan / Zapf, J. / Whiteley, J.M. / Hoch, J.A. / Xuong, N.H. / Varughese, K.I.
履歴
登録1996年4月10日処理サイト: BNL
改定 1.01997年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SPORULATION RESPONSE REGULATORY PROTEIN
B: SPORULATION RESPONSE REGULATORY PROTEIN
C: SPORULATION RESPONSE REGULATORY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5865
ポリマ－42,5063
非ポリマー802
水4,684260
1
A: SPORULATION RESPONSE REGULATORY PROTEIN
ヘテロ分子

A: SPORULATION RESPONSE REGULATORY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4174
ポリマ－28,3372
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+3/21
2
B: SPORULATION RESPONSE REGULATORY PROTEIN
C: SPORULATION RESPONSE REGULATORY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3773
ポリマ－28,3372
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.990, 101.990, 82.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-791-

HOH

21A-792-

HOH

31A-793-

HOH

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要素

#1: タンパク質 SPORULATION RESPONSE REGULATORY PROTEIN / SPO0F


分子量: 14168.564 Da / 分子数: 3 / 変異: Y13S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 解説: T7 PROMOTER / 遺伝子: SPO0F / プラスミド: PET20B / 遺伝子 (発現宿主): SPO0F / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06628
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 4.8 / 詳細: pH 4.8
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / pH: 7.3 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Madhusudan, Z.J., (1996) Acta Cryst.D., 52, 589.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mMbis-Tris1drop
250 mM1dropKCl
30.02 %1dropNaN3
425 mg/mlprotein1drop
56-7.5 %PEG33501reservoir
610 %glycerol1reservoir
7200 mM1reservoirCaCl2
8100 mM1reservoirNaOAc

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年1月1日 / 詳細: PT COATED SI FLAT MIRROR BENT FOR VERTICAL FOCUS
放射モノクロメーター: BENT CYLINDRICAL GE(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 34309 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.452 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 98.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 133198 / Rmerge(I) obs: 0.07

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHASES位相決定
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: SINGLE ISOMORPHOUS, ANOMALOUS REPLACEMENT
解像度: 1.9→10 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 -10 %
Rwork0.219 --
obs0.219 31749 98.5 %
原子変位パラメータBiso mean: 38 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2777 0 2 261 3040
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.55
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d18.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg18.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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