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- PDB-1srk: Solution structure of the third zinc finger domain of FOG-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1srk
タイトルSolution structure of the third zinc finger domain of FOG-1
要素Zinc finger protein ZFPM1
キーワードTRANSCRIPTION / classical zinc finger
機能・相同性
機能・相同性情報


tricuspid valve formation / negative regulation of mast cell differentiation / regulation of chemokine production / regulation of definitive erythrocyte differentiation / definitive erythrocyte differentiation / negative regulation of interleukin-4 production / mitral valve formation / atrial septum morphogenesis / primitive erythrocyte differentiation / megakaryocyte differentiation ...tricuspid valve formation / negative regulation of mast cell differentiation / regulation of chemokine production / regulation of definitive erythrocyte differentiation / definitive erythrocyte differentiation / negative regulation of interleukin-4 production / mitral valve formation / atrial septum morphogenesis / primitive erythrocyte differentiation / megakaryocyte differentiation / granulocyte differentiation / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / cardiac muscle tissue morphogenesis / atrioventricular valve morphogenesis / embryonic hemopoiesis / platelet formation / megakaryocyte development / ventricular septum morphogenesis / outflow tract morphogenesis / homeostasis of number of cells / transcription repressor complex / erythrocyte differentiation / negative regulation of protein binding / transcription corepressor activity / positive regulation of type II interferon production / heart development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Zinc finger protein ZFPM1-like, PR domain / Zinc finger CCHC FOG-type / FOG family / Zinc finger CCHC FOG-type profile. / Zinc-finger of C2H2 type / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily ...: / Zinc finger protein ZFPM1-like, PR domain / Zinc finger CCHC FOG-type / FOG family / Zinc finger CCHC FOG-type profile. / Zinc-finger of C2H2 type / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger protein ZFPM1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
データ登録者Simpson, R.J.Y. / Lee, S.H.Y. / Bartle, N. / Matthews, J.M. / Mackay, J.P. / Crossley, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: A Classic Zinc Finger from Friend of GATA Mediates an Interaction with the Coiled-coil of Transforming Acidic Coiled-coil 3.
著者: Simpson, R.J.Y. / Lee, S.H.Y. / Bartle, N. / Sum, E.Y. / Visvader, J.E. / Matthews, J.M. / Mackay, J.P. / Crossley, M.
履歴
登録2004年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger protein ZFPM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8802
ポリマ－3,8141
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 1000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Zinc finger protein ZFPM1 / Zinc finger protein multitype 1 / Friend of GATA protein 1 / Friend of GATA-1 / FOG-1


分子量: 3814.467 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 328-360 / 変異: E330K, L336R, E349A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: ZFPM1, FOG1, FOG / プラスミド: pGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: O35615
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
131DQF-COSY
242HNHA
NMR実験の詳細Text: Structure was determined using standard 2D homonuclear NMR spectroscopy

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.27 mM FOG-F3, 2mM TCEP, 1 mM ZnSO4, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
20.245 mM 15N-FOG-F3, 2mM TCEP, 1 mM ZnSO4, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10 mM 5.6 ambient 275 K
20 mM 5.6 ambient 275 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Bruker解析
XEASY1.3.13Bartels et alデータ解析
DYANA1.5Guntert et al精密化
ARIA1.2Linge et al構造決定
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: final structures were based on 859 unambiguous NOE-derived distance constraints, 20 ambiguous constraints and 31 dihedral angle restraints
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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