PDB-1sr3: Solution structure of the heme chaperone CcmE of Escherichia coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1sr3

タイトル

Solution structure of the heme chaperone CcmE of Escherichia coli

要素

APO-CCME

キーワード

CHAPERONE / OB fold / beta barrel / flexible C-terminal domain

機能・相同性

機能・相同性情報

cytochrome c biosynthetic process / heme import across plasma membrane / cytochrome complex assembly / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

溶液NMR

データ登録者

Enggist, E. / Thony-Meyer, L. / Guntert, P. / Pervushin, K.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: NMR Structure of the Heme Chaperone Ccme Reveals a Novel Functional Motif
著者: Enggist, E. / Thony-Meyer, L. / Guntert, P. / Pervushin, K.

履歴

登録	2004年3月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2004年4月6日	ID: 1LIZ
改定 1.0	2004年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1sr3.cif.gz	697.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1sr3.ent.gz	579.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1sr3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1sr3_validation.pdf.gz	358.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1sr3_full_validation.pdf.gz	503.7 KB	表示
XML形式データ	1sr3_validation.xml.gz	35 KB	表示
CIF形式データ	1sr3_validation.cif.gz	59.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/1sr3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/1sr3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2kj9-d 1ybj-d 1d3b-5 3v1r-d 3cwy-d 5onm-d 3zpe-d 4tv0-d 3u2m-d 4d63-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 55265526 is chemical shift of The same protein

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: APO-CCME

15.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 20	all calculated structures submitted
代表モデル

#1: タンパク質	APO-CCME / CYTOCHROME C-TYPE BIOGENESIS PROTEIN CCME 分子量: 15349.208 Da / 分子数: 1 / 断片: SOLUBLE APO-CCME-H6(C-TERMINAL DOMAIN) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 細胞内の位置: PERIPLASM / 遺伝子: CCME / プラスミド: PEC415 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): EC06 / 参照: UniProt: P69490

#1: タンパク質

APO-CCME / CYTOCHROME C-TYPE BIOGENESIS PROTEIN CCME

分子量: 15349.208 Da / 分子数: 1 / 断片: SOLUBLE APO-CCME-H6(C-TERMINAL DOMAIN) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 細胞内の位置: PERIPLASM / 遺伝子: CCME / プラスミド: PEC415 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): EC06 / 参照: UniProt: P69490

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	3D 13C- SEPARATED NOESY
1	4	1	3D 15N- SEPARATED NOESY
1	5	1	2D TROSY
1	6	1	3D TROSY HNCA
1	7	1	3D TROSY HN(CA)CB
1	8	1	CBCA(CO)NH
1	9	1	(H)CCH-TOCSA
1	10	1	15N EDITED TOCSY

-
試料調製

詳細	内容: 1.1MM APO-CCME-H6 U-98% 13C; U-98% 15N; 50MM PHOSPHATE BUFFER, PH 7.2, 300MM NACL, 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	pH: 7.2 / 圧: AMBIENT / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	800	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	600	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
DYANA	Guntert, P. et al.	精密化
XEASY	Bartels, C. et al.	データ解析
PROSA	Guntert, P. et al.	解析
CANDID	Hermann, T. et al.	構造決定

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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