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万見
- PDB-1sqj: Crystal Structure Analysis of Oligoxyloglucan reducing-end-specif... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sqj
タイトルCrystal Structure Analysis of Oligoxyloglucan reducing-end-specific cellobiohydrolase (OXG-RCBH)
要素oligoxyloglucan reducing-end-specific cellobiohydrolase
キーワードHYDROLASE / BETA-PROPELLER
機能・相同性
機能・相同性情報


oligoxyloglucan reducing-end-specific cellobiohydrolase / oligoxyloglucan reducing-end-specific cellobiohydrolase activity / xyloglucan metabolic process / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能
BNR-Asp box repeat / : / BNR repeat / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Oligoxyloglucan reducing end-specific cellobiohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Geotrichum sp. M128 (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yaoi, K. / Kondo, H. / Noro, N. / Suzuki, M. / Tsuda, S. / Mitsuishi, Y.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Tandem Repeat of a Seven-Bladed beta-Propeller Domain in Oligoxyloglucan Reducing-End-Specific Cellobiohydrolase
著者: Yaoi, K. / Kondo, H. / Noro, N. / Suzuki, M. / Tsuda, S. / Mitsuishi, Y.
#1: ジャーナル: J.BIOL.CHEM. / 年: 2002
タイトル: Purification, characterization, cloning, and expression of a novel xyloglucan-specific glycosidase, oligoxyloglucan reducing end-specific cellobiohydrolase
著者: Yaoi, K. / Mitsuishi, Y.
#2: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2003
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic study on a xyloglucan-specific exo-beta-glycosidase, oligoxyloglucan reducing-end specific cellobiohydrolase
著者: Yaoi, K. / Kondo, H. / Suzuki, M. / Noro, N. / Tsuda, S. / Mitsuishi, Y.
履歴
登録2004年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: oligoxyloglucan reducing-end-specific cellobiohydrolase
B: oligoxyloglucan reducing-end-specific cellobiohydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,9492
ポリマ－169,9492
非ポリマー00
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.077, 146.051, 212.711
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 oligoxyloglucan reducing-end-specific cellobiohydrolase / OXG-RCBH


分子量: 84974.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Geotrichum sp. M128 (酵母) / プラスミド: pET29a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)RP
参照: UniProt: Q8J0D2, oligoxyloglucan reducing-end-specific cellobiohydrolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.8
詳細: PEG 3000, PEG 400, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 0.978, 0.9792, 0.9794, 0.9500
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9781
20.97921
30.97941
40.951
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. all: 294393 / Num. obs: 294393 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.252 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 70.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 6.611 / SU ML: 0.166 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.301 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2506 4300 5.1 %RANDOM
Rwork0.21676 ---
all0.21877 80654 --
obs0.21877 80654 87.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.686 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.75 Å20 Å20 Å2
2--1.26 Å20 Å2
3----3.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11709 0 0 63 11772
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02112078
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4421.92316515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.34151535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.21721
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029589
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.25320
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.2425
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1460.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0820.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6181.57633
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.124212238
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.81434445
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7764.54277
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.32 228
Rwork0.261 4282
obs-4658

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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