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- PDB-1sqf: The crystal structure of E. coli Fmu binary complex with S-Adenos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sqf
タイトルThe crystal structure of E. coli Fmu binary complex with S-Adenosylmethionine at 2.1 A resolution
要素SUN protein
キーワードTRANSFERASE / Rossmann-fold / mixed beta sheet / methyltransferase-fold / RNA-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


16S rRNA (cytosine967-C5)-methyltransferase / rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity / rRNA base methylation / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
rRNA small subunit methyltransferase B / rRNA small subunit methyltransferase B, enterobacteriaceae / : / Helix hairpin bin / N-utilizing Substance Protein B Homolog; Chain A / NusB-like / Sun protein; domain 3 / NusB/RsmB/TIM44 / NusB family / NusB-like superfamily ...rRNA small subunit methyltransferase B / rRNA small subunit methyltransferase B, enterobacteriaceae / : / Helix hairpin bin / N-utilizing Substance Protein B Homolog; Chain A / NusB-like / Sun protein; domain 3 / NusB/RsmB/TIM44 / NusB family / NusB-like superfamily / : / Methyltr_RsmF/B-like, ferredoxin-like domain / Bacterial Fmu (Sun)/eukaryotic nucleolar NOL1/Nop2p, conserved site / NOL1/NOP2/sun family signature. / SAM-dependent methyltransferase RsmB/NOP2-type / RNA (C5-cytosine) methyltransferase / : / 16S rRNA methyltransferase RsmB/F / SAM-dependent MTase RsmB/NOP-type domain profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / Helix Hairpins / Alpha-Beta Plaits / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Foster, P.G. / Nunes, C.R. / Greene, P. / Moustakas, D. / Stroud, R.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: The First Structure of an RNA m5C Methyltransferase, Fmu, Provides Insight into Catalytic Mechanism and Specific Binding of RNA Substrate
著者: Foster, P.G. / Nunes, C.R. / Greene, P. / Moustakas, D. / Stroud, R.M.
履歴
登録2004年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUN protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8072
ポリマ－48,4081
非ポリマー3981
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.407, 49.282, 86.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a monomer.

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要素

#1: タンパク質 SUN protein / FMU protein


分子量: 48408.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: SUN, FMU, FMV, RSMB, B3289 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P36929
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: PEG4000, Tris-HCl, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→31.55 Å / Num. all: 31507 / Num. obs: 31286 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 27.7 Å2 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 6.537 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.272 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27635 2226 8.2 %RANDOM
Rwork0.22648 ---
obs0.23063 24808 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.591 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.24 Å20 Å2-0.36 Å2
2--1.08 Å20 Å2
3----2.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3289 0 27 115 3431
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0213393
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0541.9644619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8583424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.05515608
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2513
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022583
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2960.31803
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2020.5260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.40.335
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1620.52
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0811.52122
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.77723402
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.08531271
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4134.51217
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.324 173
Rwork0.26 1861
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5763-3.2504-2.32644.83092.15643.8690.54580.48440.5545-0.369-0.3372-0.3861-0.3602-0.4101-0.20860.0950.04720.05780.09730.08080.1534-21.43613.080111.6023
22.9332-0.89890.69833.67450.20385.5684-0.17080.5462-0.3255-0.22330.09970.08490.48910.29120.07120.0154-0.0212-0.01840.1175-0.03850.0679-8.7651-7.13456.7794
32.67860.4780.73841.8621-0.88557.71880.0451-0.2977-0.09110.2994-0.09040.2370.4249-0.42110.04530.1868-0.00970.00270.01190.010.0852-10.7451-9.351735.705
42.99480.6538-0.24750.9389-0.08342.3959-0.074-0.0551-0.14420.17170.0822-0.21060.30730.7166-0.00820.12390.114-0.03440.2027-0.01890.11028.4097-5.524522.4717
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA5 - 1445 - 144
2X-RAY DIFFRACTION2AA145 - 172145 - 172
3X-RAY DIFFRACTION3AA173 - 232173 - 232
4X-RAY DIFFRACTION4AA233 - 429233 - 429

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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