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- PDB-1sq4: Crystal Structure of the Putative Glyoxylate Induced Protein from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sq4
タイトルCrystal Structure of the Putative Glyoxylate Induced Protein from Pseudomonas aeruginosa, Northeast Structural Genomics Target PaR14
要素Glyoxylate-induced Protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / double beta barrel protein / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


ureidoglycine aminohydrolase activity
類似検索 - 分子機能
(S)-ureidoglycine aminohydrolase / (S)-ureidoglycine aminohydrolase, C-terminal cupin domain / (S)-ureidoglycine aminohydrolase, N-terminal cupin domain / Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Cupin type-2 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Forouhar, F. / Chen, Y. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Putative Glyoxylate Induced Protein from Pseudomonas aeruginosa, Northeast Structural Genomics Target PaR14
著者: Forouhar, F. / Chen, Y. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2004年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyoxylate-induced Protein
B: Glyoxylate-induced Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7536
ポリマ－64,5212
非ポリマー2324
水1,60389
1
A: Glyoxylate-induced Protein
B: Glyoxylate-induced Protein
ヘテロ分子

A: Glyoxylate-induced Protein
B: Glyoxylate-induced Protein
ヘテロ分子

A: Glyoxylate-induced Protein
B: Glyoxylate-induced Protein
ヘテロ分子

A: Glyoxylate-induced Protein
B: Glyoxylate-induced Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,01324
ポリマ－258,0848
非ポリマー92916
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_655-y+3/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_465y-1/2,-x+3/2,z1
Buried area36120 Å2
ΔGint-209 kcal/mol
Surface area70870 Å2
手法PISA
2
A: Glyoxylate-induced Protein
ヘテロ分子

A: Glyoxylate-induced Protein
ヘテロ分子

A: Glyoxylate-induced Protein
ヘテロ分子

A: Glyoxylate-induced Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,50712
ポリマ－129,0424
非ポリマー4658
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_655-y+3/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_465y-1/2,-x+3/2,z1
手法PQS
3
B: Glyoxylate-induced Protein
ヘテロ分子

B: Glyoxylate-induced Protein
ヘテロ分子

B: Glyoxylate-induced Protein
ヘテロ分子

B: Glyoxylate-induced Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,50712
ポリマ－129,0424
非ポリマー4658
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_655-y+3/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_465y-1/2,-x+3/2,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)106.860, 106.860, 107.446
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 Glyoxylate-induced Protein / GlxB


分子量: 32260.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: 878039 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q9I4J5
#2: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.05 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 3350 and 200mM potassium isothiocyanate, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月1日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→29.75 Å / Num. obs: 32679 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 28.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / Num. unique all: 3260 / Rsym value: 0.352 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
SOLVE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→29.75 Å / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 3041 -Random
Rwork0.213 ---
all0.213 31279 --
obs0.262 31279 9.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.56 Å20 Å20 Å2
2---1.56 Å20 Å2
3---3.12 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4311 0 12 89 4412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.014
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 543 -
Rwork0.263 --
obs-4293 11.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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