PDB-1sq3: Crystal structures of a novel open pore ferritin from the hyperth...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1sq3

タイトル

Crystal structures of a novel open pore ferritin from the hyperthermophilic Archaeon Archaeoglobus fulgidus.

要素

ferritin

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Ferroxidase / four helix bundle / iron storage

機能・相同性

機能・相同性情報

ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Archaeoglobus fulgidus (古細菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Johnson, E. / Cascio, D. / Michael, S. / Schroder, I.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: Crystal structures of a tetrahedral open pore ferritin from the hyperthermophilic archaeon Archaeoglobus fulgidus.
著者: Johnson, E. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Gingery, M. / Schroder, I.

履歴

登録	2004年3月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2013年6月5日	Group: Other
改定 1.4	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.5	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.7	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1sq3.cif.gz	418.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1sq3.ent.gz	347.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1sq3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1sq3_validation.pdf.gz	507.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1sq3_full_validation.pdf.gz	542 KB	表示
XML形式データ	1sq3_validation.xml.gz	71.3 KB	表示
CIF形式データ	1sq3_validation.cif.gz	99.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/1sq3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/1sq3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1s3qSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1s3q-1 5ls9-1 6qkm-1 2yav-1 2yaw-1 6m35-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (6) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ferritin

B: ferritin

C: ferritin

D: ferritin

E: ferritin

F: ferritin

G: ferritin

H: ferritin

I: ferritin

J: ferritin

K: ferritin

L: ferritin

ヘテロ分子

251 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ferritin

B: ferritin

C: ferritin

D: ferritin

E: ferritin

F: ferritin

G: ferritin

H: ferritin

I: ferritin

J: ferritin

K: ferritin

L: ferritin

ヘテロ分子

A: ferritin

B: ferritin

C: ferritin

D: ferritin

E: ferritin

F: ferritin

G: ferritin

H: ferritin

I: ferritin

J: ferritin

K: ferritin

L: ferritin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
502 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	184.502, 190.243, 179.407
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ILE	ILE	LEU	LEU	4	A	A	4 - 162	4 - 162
2	1	1	ILE	ILE	LEU	LEU	4	D	D	4 - 162	4 - 162
1	1	2	ILE	ILE	LEU	LEU	4	A	A	4 - 162	4 - 162
2	1	2	ILE	ILE	LEU	LEU	4	E	E	4 - 162	4 - 162
1	1	3	ILE	ILE	LEU	LEU	4	A	A	4 - 162	4 - 162
2	1	3	ILE	ILE	LEU	LEU	4	G	G	4 - 162	4 - 162
1	1	4	ILE	ILE	LEU	LEU	4	A	A	4 - 162	4 - 162
2	1	4	ILE	ILE	LEU	LEU	4	J	J	4 - 162	4 - 162
1	1	5	ILE	ILE	LEU	LEU	4	A	A	4 - 162	4 - 162
2	1	5	ILE	ILE	LEU	LEU	4	K	K	4 - 162	4 - 162
1	1	6	ILE	ILE	LEU	LEU	4	B	B	4 - 162	4 - 162
2	1	6	ILE	ILE	LEU	LEU	4	C	C	4 - 162	4 - 162
1	1	7	ILE	ILE	LEU	LEU	4	B	B	4 - 162	4 - 162
2	1	7	ILE	ILE	LEU	LEU	4	F	F	4 - 162	4 - 162
1	1	8	ILE	ILE	LEU	LEU	4	B	B	4 - 162	4 - 162
2	1	8	ILE	ILE	LEU	LEU	4	H	H	4 - 162	4 - 162
1	1	9	ILE	ILE	LEU	LEU	4	B	B	4 - 162	4 - 162
2	1	9	ILE	ILE	LEU	LEU	4	I	I	4 - 162	4 - 162
1	1	10	ILE	ILE	LEU	LEU	4	B	B	4 - 162	4 - 162
2	1	10	ILE	ILE	LEU	LEU	4	L	L	4 - 162	4 - 162
1	1	11	ALA	ALA	ILE	ILE	1	C	C	18 - 20	18 - 20
2	1	11	ALA	ALA	ILE	ILE	1	A	A	18 - 20	18 - 20
3	2	11	GLU	GLU	ALA	ALA	1	C	C	51 - 56	51 - 56
4	2	11	GLU	GLU	ALA	ALA	1	A	A	51 - 56	51 - 56
5	3	11	HIS	HIS	VAL	VAL	1	C	C	95 - 97	95 - 97
6	3	11	HIS	HIS	VAL	VAL	1	A	A	95 - 97	95 - 97
7	4	11	ALA	ALA	GLU	GLU	1	C	C	127 - 133	127 - 133
8	4	11	ALA	ALA	GLU	GLU	1	A	A	127 - 133	127 - 133
1	1	12	ALA	ALA	ILE	ILE	1	C	C	18 - 20	18 - 20
2	1	12	ALA	ALA	ILE	ILE	1	B	B	18 - 20	18 - 20
3	2	12	GLU	GLU	ALA	ALA	1	C	C	51 - 56	51 - 56
4	2	12	GLU	GLU	ALA	ALA	1	B	B	51 - 56	51 - 56
5	3	12	HIS	HIS	VAL	VAL	1	C	C	95 - 97	95 - 97
6	3	12	HIS	HIS	VAL	VAL	1	B	B	95 - 97	95 - 97
7	4	12	ALA	ALA	GLU	GLU	1	C	C	127 - 133	127 - 133
8	4	12	ALA	ALA	GLU	GLU	1	B	B	127 - 133	127 - 133
1	1	13	ALA	ALA	ILE	ILE	1	C	C	18 - 20	18 - 20
2	1	13	ALA	ALA	ILE	ILE	1	D	D	18 - 20	18 - 20
3	2	13	GLU	GLU	ALA	ALA	1	C	C	51 - 56	51 - 56
4	2	13	GLU	GLU	ALA	ALA	1	D	D	51 - 56	51 - 56
5	3	13	HIS	HIS	VAL	VAL	1	C	C	95 - 97	95 - 97
6	3	13	HIS	HIS	VAL	VAL	1	D	D	95 - 97	95 - 97
7	4	13	ALA	ALA	GLU	GLU	1	C	C	127 - 133	127 - 133
8	4	13	ALA	ALA	GLU	GLU	1	D	D	127 - 133	127 - 133
1	1	14	ALA	ALA	ILE	ILE	1	C	C	18 - 20	18 - 20
2	1	14	ALA	ALA	ILE	ILE	1	E	E	18 - 20	18 - 20
3	2	14	GLU	GLU	ALA	ALA	1	C	C	51 - 56	51 - 56
4	2	14	GLU	GLU	ALA	ALA	1	E	E	51 - 56	51 - 56
5	3	14	HIS	HIS	VAL	VAL	1	C	C	95 - 97	95 - 97
6	3	14	HIS	HIS	VAL	VAL	1	E	E	95 - 97	95 - 97
7	4	14	ALA	ALA	GLU	GLU	1	C	C	127 - 133	127 - 133
8	4	14	ALA	ALA	GLU	GLU	1	E	E	127 - 133	127 - 133
1	1	15	ALA	ALA	ILE	ILE	1	C	C	18 - 20	18 - 20
2	1	15	ALA	ALA	ILE	ILE	1	F	F	18 - 20	18 - 20
3	2	15	GLU	GLU	ALA	ALA	1	C	C	51 - 56	51 - 56
4	2	15	GLU	GLU	ALA	ALA	1	F	F	51 - 56	51 - 56
5	3	15	HIS	HIS	VAL	VAL	1	C	C	95 - 97	95 - 97
6	3	15	HIS	HIS	VAL	VAL	1	F	F	95 - 97	95 - 97
7	4	15	ALA	ALA	GLU	GLU	1	C	C	127 - 133	127 - 133
8	4	15	ALA	ALA	GLU	GLU	1	F	F	127 - 133	127 - 133
1	1	16	ALA	ALA	ILE	ILE	1	C	C	18 - 20	18 - 20
2	1	16	ALA	ALA	ILE	ILE	1	G	G	18 - 20	18 - 20
3	2	16	GLU	GLU	ALA	ALA	1	C	C	51 - 56	51 - 56
4	2	16	GLU	GLU	ALA	ALA	1	G	G	51 - 56	51 - 56
5	3	16	HIS	HIS	VAL	VAL	1	C	C	95 - 97	95 - 97
6	3	16	HIS	HIS	VAL	VAL	1	G	G	95 - 97	95 - 97
7	4	16	ALA	ALA	GLU	GLU	1	C	C	127 - 133	127 - 133
8	4	16	ALA	ALA	GLU	GLU	1	G	G	127 - 133	127 - 133
1	1	17	ALA	ALA	ILE	ILE	1	C	C	18 - 20	18 - 20
2	1	17	ALA	ALA	ILE	ILE	1	H	H	18 - 20	18 - 20
3	2	17	GLU	GLU	ALA	ALA	1	C	C	51 - 56	51 - 56
4	2	17	GLU	GLU	ALA	ALA	1	H	H	51 - 56	51 - 56
5	3	17	HIS	HIS	VAL	VAL	1	C	C	95 - 97	95 - 97
6	3	17	HIS	HIS	VAL	VAL	1	H	H	95 - 97	95 - 97
7	4	17	ALA	ALA	GLU	GLU	1	C	C	127 - 133	127 - 133
8	4	17	ALA	ALA	GLU	GLU	1	H	H	127 - 133	127 - 133
1	1	18	ALA	ALA	ILE	ILE	1	C	C	18 - 20	18 - 20
2	1	18	ALA	ALA	ILE	ILE	1	I	I	18 - 20	18 - 20
3	2	18	GLU	GLU	ALA	ALA	1	C	C	51 - 56	51 - 56
4	2	18	GLU	GLU	ALA	ALA	1	I	I	51 - 56	51 - 56
5	3	18	HIS	HIS	VAL	VAL	1	C	C	95 - 97	95 - 97
6	3	18	HIS	HIS	VAL	VAL	1	I	I	95 - 97	95 - 97
7	4	18	ALA	ALA	GLU	GLU	1	C	C	127 - 133	127 - 133
8	4	18	ALA	ALA	GLU	GLU	1	I	I	127 - 133	127 - 133
1	1	19	ALA	ALA	ILE	ILE	1	C	C	18 - 20	18 - 20
2	1	19	ALA	ALA	ILE	ILE	1	J	J	18 - 20	18 - 20
3	2	19	GLU	GLU	ALA	ALA	1	C	C	51 - 56	51 - 56
4	2	19	GLU	GLU	ALA	ALA	1	J	J	51 - 56	51 - 56
5	3	19	HIS	HIS	VAL	VAL	1	C	C	95 - 97	95 - 97
6	3	19	HIS	HIS	VAL	VAL	1	J	J	95 - 97	95 - 97
7	4	19	ALA	ALA	GLU	GLU	1	C	C	127 - 133	127 - 133
8	4	19	ALA	ALA	GLU	GLU	1	J	J	127 - 133	127 - 133
1	1	20	ALA	ALA	ILE	ILE	1	C	C	18 - 20	18 - 20
2	1	20	ALA	ALA	ILE	ILE	1	K	K	18 - 20	18 - 20
3	2	20	GLU	GLU	ALA	ALA	1	C	C	51 - 56	51 - 56
4	2	20	GLU	GLU	ALA	ALA	1	K	K	51 - 56	51 - 56
5	3	20	HIS	HIS	VAL	VAL	1	C	C	95 - 97	95 - 97
6	3	20	HIS	HIS	VAL	VAL	1	K	K	95 - 97	95 - 97
7	4	20	ALA	ALA	GLU	GLU	1	C	C	127 - 133	127 - 133
8	4	20	ALA	ALA	GLU	GLU	1	K	K	127 - 133	127 - 133
1	1	21	ALA	ALA	ILE	ILE	1	C	C	18 - 20	18 - 20
2	1	21	ALA	ALA	ILE	ILE	1	L	L	18 - 20	18 - 20
3	2	21	GLU	GLU	ALA	ALA	1	C	C	51 - 56	51 - 56
4	2	21	GLU	GLU	ALA	ALA	1	L	L	51 - 56	51 - 56
5	3	21	HIS	HIS	VAL	VAL	1	C	C	95 - 97	95 - 97
6	3	21	HIS	HIS	VAL	VAL	1	L	L	95 - 97	95 - 97
7	4	21	ALA	ALA	GLU	GLU	1	C	C	127 - 133	127 - 133
8	4	21	ALA	ALA	GLU	GLU	1	L	L	127 - 133	127 - 133

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	ferritin 分子量: 20760.139 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM 4304 / 遺伝子: Ftn / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 codon plus / 参照: UniProt: O29424
#2: 化合物	... ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: microbatch under oil / pH: 7.5 詳細: PEG 400, HEPES, MgCl2, FeSO4 , pH 7.5, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月27日 / 詳細: osmic mirror
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→80 Å / Num. all: 86172 / Num. obs: 86172 / % possible obs: 99.9 % / R_merge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 26.43
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / R_merge(I) obs: 0.394 / Mean I/σ(I) obs: 6.67 / Num. unique all: 8527 / R_sym value: 0.394 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1S3Q

1s3q

解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 8.725 / SU ML: 0.179 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.541 / ESU R Free: 0.273 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21755	4330	5 %	RANDOM
R_work	0.17672	-	-	-
all	0.17877	86172	-	-
obs	0.17877	81803	99.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.829 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16113	0	36	515	16664

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	16482
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	14697
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.461	1.945	22209
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.135	3	34179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.167	5	1929
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	2337
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	18243
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	3477
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.267	0.3	4941
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.279	0.3	16658
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.5	8986
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.278	0.5	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.12	0.5	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.222	0.3	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.265	0.3	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.471	0.5	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.666	2	9690
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.734	3	15525
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.088	2	6792
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.321	3	6684

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
11	C	284	tight positional	0.19	0.05
12	C	284	tight positional	0.18	0.05
13	C	284	tight positional	0.07	0.05
14	C	284	tight positional	0.09	0.05
15	C	282	tight positional	0.07	0.05
16	C	284	tight positional	0.08	0.05
17	C	284	tight positional	0.09	0.05
18	C	284	tight positional	0.07	0.05
19	C	282	tight positional	0.07	0.05
20	C	282	tight positional	0.18	0.05
21	C	284	tight positional	0.06	0.05
1	A	2520	medium positional	0.34	0.5
2	A	2520	medium positional	0.33	0.5
3	A	2520	medium positional	0.32	0.5
4	A	2518	medium positional	0.31	0.5
5	A	2518	medium positional	0.33	0.5
6	B	2520	medium positional	0.29	0.5
7	B	2518	medium positional	0.3	0.5
8	B	2520	medium positional	0.37	0.5
9	B	2520	medium positional	0.31	0.5
10	B	2520	medium positional	0.34	0.5
11	C	284	tight thermal	0.3	0.5
12	C	284	tight thermal	0.38	0.5
13	C	284	tight thermal	0.39	0.5
14	C	284	tight thermal	0.37	0.5
15	C	282	tight thermal	0.44	0.5
16	C	284	tight thermal	0.33	0.5
17	C	284	tight thermal	0.44	0.5
18	C	284	tight thermal	0.39	0.5
19	C	282	tight thermal	0.39	0.5
20	C	282	tight thermal	0.45	0.5
21	C	284	tight thermal	0.4	0.5
1	A	2520	medium thermal	0.9	2
2	A	2520	medium thermal	0.95	2
3	A	2520	medium thermal	0.85	2
4	A	2518	medium thermal	0.94	2
5	A	2518	medium thermal	1.03	2
6	B	2520	medium thermal	0.95	2
7	B	2518	medium thermal	1.05	2
8	B	2520	medium thermal	0.95	2
9	B	2520	medium thermal	0.9	2
10	B	2520	medium thermal	1.36	2

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.772 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.288	303
R_work	0.204	5969

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8721	0.409	0.0584	2.1469	-0.6276	0.2877	-0.0251	0.4779	-0.1947	-0.1057	0.0312	-0.0635	0.0852	-0.089	-0.0061	0.226	-0.0168	0.0415	0.4699	-0.1012	0.1315	58.604	76.81	129.314
2	0.8375	0.6735	-0.1908	2.1636	-0.1492	0.1179	-0.1121	0.5813	0.0312	-0.0279	0.0777	0.0924	0.0548	-0.1068	0.0343	0.2082	-0.0385	-0.0243	0.6327	-0.039	0.1043	33.175	81.412	126.749
3	2.499	-1.2684	0.32	0.6863	0.0156	0.2238	0.0622	0.2835	0.5531	-0.0293	-0.0115	-0.2859	-0.0727	-0.0398	-0.0507	0.2286	-0.0451	-0.0215	0.1555	0.1992	0.4524	64.322	130.49	150.321
4	1.747	-0.9423	0.6403	0.6073	0.1991	0.451	0.1783	0.4687	0.2018	-0.1567	-0.12	-0.0629	-0.0996	-0.0092	-0.0583	0.2307	0.0121	0.0467	0.4287	0.2624	0.1916	59.101	114.044	130.887
5	0.7113	0.313	0.5939	0.5851	0.4618	1.3997	0.0013	0.2779	0.0212	0.0528	-0.0206	-0.129	-0.012	0.1128	0.0193	0.148	-0.0072	0.0318	0.2356	0.0319	0.2336	85.322	94.346	148.583
6	0.6409	0.1648	0.5688	0.4033	0.3894	1.3441	0.1025	0.0681	-0.1602	0.0296	-0.0108	0.0011	0.1963	0.0457	-0.0917	0.223	0.0356	-0.015	0.1327	-0.0055	0.3053	84.095	72.334	162.346
7	1.0746	0.1255	-0.3491	0.2249	-0.5051	1.1638	-0.0878	0.3449	-0.5103	-0.0658	-0.0041	-0.0375	0.2495	-0.1178	0.092	0.3359	-0.1131	0.0625	0.1384	-0.2179	0.4023	17.364	45.906	158.141
8	1.3941	0.2944	-1.0363	0.1927	-0.4467	2.0616	-0.2589	0.0304	-0.6221	-0.0185	0.014	-0.116	0.2533	0.1949	0.245	0.315	0.0177	0.1177	0.1118	-0.1552	0.5254	42.818	42.946	162.807
9	1.7067	-0.0696	0.4485	-0.0272	-0.0747	0.7315	-0.0575	-0.3971	-0.1841	0.024	-0.0788	-0.112	-0.0407	-0.1759	0.1363	0.2839	-0.0251	0.0406	0.3239	0.1482	0.1862	11.887	63.821	212.778
10	1.7054	-0.3436	0.7229	0.2689	0.0092	0.6253	0.026	-0.173	-0.4449	0.0647	-0.0129	-0.0156	0.1778	-0.0142	-0.013	0.3066	-0.0968	0.0685	0.1217	0.1299	0.4363	16.547	45.238	195.282
11	0.957	-0.4081	-0.2737	0.7076	0.416	0.6681	-0.0486	0.0172	-0.2713	0.0628	0.0005	0.0689	0.0434	-0.2159	0.0481	0.2253	-0.1118	0.047	0.1998	-0.0415	0.2102	-9.3	64.34	176.69
12	0.8423	-0.6437	-0.4603	0.8166	0.6003	1.0614	-0.0033	0.1507	-0.0739	-0.087	-0.0409	0.0647	0.0152	-0.0807	0.0442	0.213	-0.0638	-0.0107	0.2807	-0.0655	0.0855	-7.735	79.466	155.64

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 164	3 - 164
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	3 - 164	3 - 164
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	3 - 164	3 - 164
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	3 - 164	3 - 164
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	3 - 164	3 - 164
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	3 - 164	3 - 164
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	3 - 164	3 - 164
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	3 - 164	3 - 164
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	I	3 - 164	3 - 164
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	J	3 - 164	3 - 164
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	K	3 - 164	3 - 164
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	L	3 - 164	3 - 164

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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