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- PDB-1so7: Maltose-induced structure of the human cytolsolic sialidase Neu2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1so7
タイトルMaltose-induced structure of the human cytolsolic sialidase Neu2
要素Sialidase 2
キーワードHYDROLASE / sialidase / neuraminidase / ganglioside / sugar-induced form
機能・相同性
機能・相同性情報


Sialic acid metabolism / glycosphingolipid catabolic process / glycoprotein catabolic process / Glycosphingolipid catabolism / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / catalytic complex / lysosome ...Sialic acid metabolism / glycosphingolipid catabolic process / glycoprotein catabolic process / Glycosphingolipid catabolism / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / catalytic complex / lysosome / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Chavas, L.M.G. / Fusi, P. / Tringali, C. / Venerando, B. / Tettamanti, G. / Kato, R. / Monti, E. / Wakatsuki, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of the Human Cytosolic Sialidase Neu2: EVIDENCE FOR THE DYNAMIC NATURE OF SUBSTRATE RECOGNITION
著者: Chavas, L.M.G. / Tringali, C. / Fusi, P. / Venerando, B. / Tettamanti, G. / Kato, R. / Monti, E. / Wakatsuki, S.
履歴
登録2004年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sialidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4552
ポリマ－42,4201
非ポリマー351
水5,332296
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)145.690, 145.690, 64.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-460-

HOH

21A-461-

HOH

31A-613-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Sialidase 2 / Neu2 / Cytosolic sialidase / N-acetyl-alpha- neuraminidase 2


分子量: 42419.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9Y3R4, exo-alpha-sialidase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.33 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: sodium potassium phosphate, sodium chloride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月24日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→50 Å / Num. all: 83517 / Num. obs: 79480 / % possible obs: 97 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 25.3
反射 シェル解像度: 1.49→1.52 Å / Rmerge(I) obs: 0.296 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 85.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SNT

1snt


解像度: 1.49→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: About CD1/CD2 (LEU A 90), OE1/OE2 (GLU A 218) and CG1/CG2 (VAL A 325), there are 3 possible positions for these atoms. There are two different conformations for each atom. For convenience, ...詳細: About CD1/CD2 (LEU A 90), OE1/OE2 (GLU A 218) and CG1/CG2 (VAL A 325), there are 3 possible positions for these atoms. There are two different conformations for each atom. For convenience, the author assigned as a double conformation only one of the atoms.(CD2 of LEU 90, OE1 of GLU 218 and CG1 of VAL 325) Thus the occupancies of the alternate conformations are greater than 1.00 and there are chirality errors at these atoms. The chirality errors appear at CB (ILE A 105) and CG (BLEU A 365). About LEU 365, the author could see two conformations, but only the atom CG was obvious. The other atoms (respectively CD1 and CD2), if in an other conformation, would have been too close than the first conformation. The author only applied two conformations for the CG atom. About ILE 105, the author could see density for an other conformation only for a CG atom, but nothing for the CD1. The author assigned only 2 conformations for the CG2 atom. These are the reasons for the chirality errors.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 4011 -RANDOM
Rwork0.202 ---
all0.203 83517 --
obs0.203 79480 97 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2847 0 1 296 3144
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.633

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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