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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1snn | ||||||
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タイトル | 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase from Methanococcus jannaschii | ||||||
要素 | 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / riboflavin biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase / 3,4-dihydroxy-2-butanone-4-phosphate synthase activity / riboflavin biosynthetic process / manganese ion binding / magnesium ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Steinbacher, S. / Schiffmann, S. / Huber, R. / Bacher, A. / Fischer, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004 タイトル: Metal sites in 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase from Methanococcus jannaschii in complex with the substrate ribulose 5-phosphate. 著者: Steinbacher, S. / Schiffmann, S. / Bacher, A. / Fischer, M. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Structure of 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase from Methanococcus jannaschii in complex with divalent metal ions and the substrate ribulose 5-phosphate: implications for the catalytic mechanism 著者: Steinbacher, S. / Schiffmann, S. / Richter, G. / Huber, R. / Bacher, A. / Fischer, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1snn.cif.gz | 110.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1snn.ent.gz | 83.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1snn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1snn_validation.pdf.gz | 450.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1snn_full_validation.pdf.gz | 456.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1snn_validation.xml.gz | 22.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1snn_validation.cif.gz | 32.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/1snn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/1snn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1pvyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is identical to the assymmetric dimer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25781.553 Da / 分子数: 2 / 変異: H147S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: MJ0055 / プラスミド: PNCO-MJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1 参照: UniProt: Q60364, 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの #2: 糖 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.1 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG1000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.283, 1.2823 | |||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年8月15日 | |||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.55→20 Å / Num. all: 53846 / Num. obs: 53846 / % possible obs: 0.883 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 17.5 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.59 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.267 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 92.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1PVY 解像度: 1.55→20 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: The purpose of the present study was to unumbiguously identify a metal ion as zinc. Therefore a data set including the anomlaous data was collected at the zinc absorption edge. The structure ...詳細: The purpose of the present study was to unumbiguously identify a metal ion as zinc. Therefore a data set including the anomlaous data was collected at the zinc absorption edge. The structure is virtually identical to the entry 1PVY. Therefore, a simple refinement was sufficient to "solve" the structure. The strcuture was refined against the data set, not containing the anomalous data.
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→20 Å
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拘束条件 |
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