PDB-1sne: An Oligomeric Domain-Swapped Beta-Beta-Alpha Mini-Protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1sne

タイトル

An Oligomeric Domain-Swapped Beta-Beta-Alpha Mini-Protein

要素

tetrameric beta-beta-alpha mini-protein

キーワード

DE NOVO PROTEIN / protein design / domain swapping / mini-protein / oligomerization

機能・相同性

ISOPROPYL ALCOHOL

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Ali, M.H. / Peisach, E. / Allen, K.N. / Imperiali, B.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2004
タイトル: X-ray structure analysis of a designed oligomeric miniprotein reveals a discrete quaternary architecture.
著者: Ali, M.H. / Peisach, E. / Allen, K.N. / Imperiali, B.

履歴

登録	2004年3月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 3.0	2024年5月8日	Group: Atomic model / カテゴリ: atom_site / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1sne.cif.gz	23.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1sne.ent.gz	15.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1sne.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/1sne ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/1sne	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1sn9C 1snaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1z8m-d 1r77-1 2a6r-5 4nrn-2 1i7a-11 4ls4-1 4nj6-11 1sn9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: tetrameric beta-beta-alpha mini-protein

B: tetrameric beta-beta-alpha mini-protein

ヘテロ分子

5.28 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: tetrameric beta-beta-alpha mini-protein

B: tetrameric beta-beta-alpha mini-protein

ヘテロ分子

A: tetrameric beta-beta-alpha mini-protein

B: tetrameric beta-beta-alpha mini-protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.912, 21.325, 31.896
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 121.32, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-87- HOH
2	1	A-89- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	tetrameric beta-beta-alpha mini-protein / BBAT 分子量: 2609.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The protein was chemically synthesized.
#2: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 23.68 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES-Na, 10% v/v i-propanol, 20% w/v PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X12C / 波長: 0.978031, 0.97902, 0.949320

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.978031	1
2	0.97902	1
3	0.94932	1

反射

解像度: 1.5→99 Å / Num. all: 7811 / Num. obs: 7811 / % possible obs: 74.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.7 % / B_iso Wilson estimate: 11.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 33.6

反射シェル

解像度: 1.5→1.55 Å / R_merge(I) obs: 0.085 / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / Num. unique all: 169 / % possible all: 16.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1.1	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.5→27.25 Å / R_factor R_free error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1233606.43 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.183	786	10.1 %	RANDOM
R_work	0.169	-	-	-
all	0.169	7769	-	-
obs	0.169	7769	74.3 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 58.1948 Å² / k_sol: 0.327503 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.81 Å²	0 Å²	-0.16 Å²
2-	-	2.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.36 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.18 Å	0.15 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.13 Å	0.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→27.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	393	0	0	73	466

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.8
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	21.6
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.96

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.59 Å / R_factor R_free error: 0.044 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.236	29	7.6 %
R_work	0.208	351	-
obs	-	-	21.4 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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