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- PDB-1smc: Mycobacterium tuberculosis dUTPase complexed with dUTP in the abs... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1smc
タイトルMycobacterium tuberculosis dUTPase complexed with dUTP in the absence of metal ion.
要素Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
キーワードHYDROLASE / jelly-roll / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP metabolic process / dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEOXYURIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / NITRATE ION / Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Sawaya, M.R. / Chan, S. / Segelke, B. / Lekin, T. / Krupka, H. / Cho, U.S. / Kim, M.-Y. / So, M. / Kim, C.-Y. / Naranjo, C.M. ...Sawaya, M.R. / Chan, S. / Segelke, B. / Lekin, T. / Krupka, H. / Cho, U.S. / Kim, M.-Y. / So, M. / Kim, C.-Y. / Naranjo, C.M. / Rogers, Y.C. / Park, M.S. / Waldo, G.S. / Pashkov, I. / Cascio, D. / Yeates, T.O. / Perry, J.L. / Terwilliger, T.C. / Eisenberg, D. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the Mycobacterium tuberculosis dUTPase: insights into the catalytic mechanism.
著者: Chan, S. / Segelke, B. / Lekin, T. / Krupka, H. / Cho, U.S. / Kim, M.-Y. / So, M. / Kim, C.-Y. / Naranjo, C.M. / Rogers, Y.C. / Park, M.S. / Waldo, G.S. / Pashkov, I. / Cascio, D. / Perry, J.L. / Sawaya, M.R.
履歴
登録2004年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
B: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
C: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,81010
ポリマ－53,9773
非ポリマー1,8337
水3,963220
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13030 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area15320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.595, 77.697, 94.781
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological unit is a homo-trimer. It is contained within the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / dUTPase / dUTP pyrophosphatase


分子量: 17992.314 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: DUT, RV2697C, MT2771, MTCY05A6.18C, MB2716C / プラスミド: modified pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21PRO
参照: UniProt: P0A552, UniProt: P9WNS5*PLUS, dUTP diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-DUT / DEOXYURIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dUTP


分子量: 468.142 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N2O14P3
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 3350, ammonium nitrate, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→80 Å / Num. all: 27903 / Num. obs: 27903 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 34.9 Å2 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 11.1 % / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 2746 / Rsym value: 0.453 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: M. tuberculosis dUTPase complexed with dUMP and magnesium.

解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 3.845 / SU ML: 0.105 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20675 2525 9.9 %RANDOM
Rwork0.16549 ---
all0.16959 23083 --
obs0.16959 23083 98.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.246 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å20 Å20 Å2
2---1.33 Å20 Å2
3---1.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2928 0 112 220 3260
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0213112
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022996
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2462.0394263
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09136893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3755393
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2510
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023387
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02583
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.2841
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2650.23552
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1610.23017
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2187
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1630.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3530.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.190.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0331.51984
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.79123191
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.92131128
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9324.51072
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.224 167
Rwork0.171 1682
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.37180.09050.23620.78820.30340.67010.00270.031-0.0721-0.1241-0.02570.00910.0432-0.01410.0230.08290.00630.00260.0873-0.01650.020313.257-9.033-8.816
20.9605-0.2046-0.27570.70970.15720.49860.0264-0.07670.02020.0259-0.00770.0756-0.0243-0.0776-0.01870.0681-0.00180.01120.0974-0.01640.0052.7242.4712.437
30.7566-0.14680.4550.5278-0.04490.45560.0382-0.0024-0.0450.0657-0.0103-0.0562-0.00390.034-0.02790.0731-0.00220.00450.10250.00120.022621.640.3825.634
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 13024 - 150
2X-RAY DIFFRACTION2BB4 - 13024 - 150
3X-RAY DIFFRACTION3CC4 - 13024 - 150

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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