[日本語] English
万見
- PDB-1sm9: Crystal Structure Of An Engineered K274RN276D Double Mutant of Xy... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sm9
タイトルCrystal Structure Of An Engineered K274RN276D Double Mutant of Xylose Reductase From Candida Tenuis Optimized To Utilize NAD
要素xylose reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / xylose metabolism / coenzyme specificity / aldo-keto reductase / beta-alpha-barrel / AKR2B5
機能・相同性
機能・相同性情報


D-xylose reductase [NAD(P)H] / D-xylose reductase (NADPH) activity / D-xylose catabolic process
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 2B / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily ...Aldo-keto reductase family 2B / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / : / NAD(P)H-dependent D-xylose reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida tenuis (菌類)
手法X線回折 / isomorphous / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Petschacher, B. / Leitgeb, S. / Kavanagh, K.L. / Wilson, D.K. / Nidetzky, B.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2005
タイトル: The coenzyme specificity of Candida tenuis xylose reductase (AKR2B5) explored by site-directed mutagenesis and X-ray crystallography.
著者: Petschacher, B. / Leitgeb, S. / Kavanagh, K.L. / Wilson, D.K. / Nidetzky, B.
履歴
登録2004年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: xylose reductase
B: xylose reductase
C: xylose reductase
D: xylose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,0188
ポリマ－144,3654
非ポリマー2,6544
水14,286793
1
A: xylose reductase
B: xylose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5094
ポリマ－72,1822
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area24350 Å2
手法PISA
2
C: xylose reductase
D: xylose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5094
ポリマ－72,1822
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4830 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area24310 Å2
手法PISA
3
A: xylose reductase
B: xylose reductase
ヘテロ分子

A: xylose reductase
B: xylose reductase
ヘテロ分子

C: xylose reductase
D: xylose reductase
ヘテロ分子

C: xylose reductase
D: xylose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,03716
ポリマ－288,7308
非ポリマー5,3078
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1,-z+11
Buried area25390 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area91210 Å2
手法PISA
4
A: xylose reductase
B: xylose reductase
ヘテロ分子

C: xylose reductase
D: xylose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,0188
ポリマ－144,3654
非ポリマー2,6544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1,-z+11
Buried area11200 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area47100 Å2
手法PISA
5
A: xylose reductase
B: xylose reductase
ヘテロ分子

A: xylose reductase
B: xylose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,0188
ポリマ－144,3654
非ポリマー2,6544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area11110 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area47220 Å2
手法PISA
6
C: xylose reductase
D: xylose reductase
ヘテロ分子

C: xylose reductase
D: xylose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,0188
ポリマ－144,3654
非ポリマー2,6544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area11160 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area47110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.74, 128.19, 79.67
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2383-

HOH

21D-4383-

HOH

31D-4584-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
xylose reductase


分子量: 36091.199 Da / 分子数: 4 / 変異: K274R, N276D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida tenuis (菌類) / プラスミド: pBEAct.1i / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: GenBank: 3289019, UniProt: O74237*PLUS, aldose reductase
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 793 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: ammonium sulfate, sodium acetate, sodium citrate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年11月11日
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 91362 / Num. obs: 91362 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 12.51
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.358 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: isomorphous
開始モデル: wild-type structure of xylose reductase from candida tenuis bound to nad, pdb entry 1MI3

1mi3


解像度: 2.2→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.24 4476 randomly, 4.9% of data
Rwork0.194 --
obs0.194 91237 -
all-91237 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10132 0 176 793 11101
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00917
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.62804

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る