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- PDB-1slg: STREPTAVIDIN, PH 5.6, BOUND TO PEPTIDE FCHPQNT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1slg
タイトルSTREPTAVIDIN, PH 5.6, BOUND TO PEPTIDE FCHPQNT
要素
  • FCHPQNT
  • STREPTAVIDIN
キーワードCOMPLEX(BIOTIN-BINDING PROTEIN/PEPTIDE) / COMPLEX(BIOTIN-BINDING PROTEIN-PEPTIDE) / COMPLEX(BIOTIN-BINDING PROTEIN-PEPTIDE) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin ...Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Katz, B.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Binding to protein targets of peptidic leads discovered by phage display: crystal structures of streptavidin-bound linear and cyclic peptide ligands containing the HPQ sequence
著者: Katz, B.A.
履歴
登録1995年3月10日処理サイト: BNL
改定 1.01996年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: STREPTAVIDIN
M: FCHPQNT
D: STREPTAVIDIN
P: FCHPQNT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0244
ポリマ－30,0244
非ポリマー00
水2,864159
1
B: STREPTAVIDIN
M: FCHPQNT
D: STREPTAVIDIN
P: FCHPQNT

B: STREPTAVIDIN
M: FCHPQNT
D: STREPTAVIDIN
P: FCHPQNT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0498
ポリマ－60,0498
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.240, 105.890, 48.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Atom site foot note1: LYS B 134 - PRO B 135 OMEGA = 148.23 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-1, -0.029, -0.004), (-0.024, 0.725, 0.689), (-0.017, 0.689, -0.725)
ベクター: 52.963, 0.539, 0.403)
詳細MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. NONCRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD RELATING PROTOMERS OF THE STREPTAVIDIN TETRAMER APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 B 13 .. M 7 D 13 .. P 7 0.845 SYMMETRY THE CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS PRESENTED BELOW GENERATE THE SUBUNITS OF THE POLYMERIC MOLECULE. STREPTAVIDIN IS A TETRAMERIC PROTEIN. THE CRYSTALLOGRAPHIC TRANSFORMATION GIVEN HERE GENERATES THE TETRAMER FROM THE DIMER FOUND IN THE ASYMMETRIC UNIT OF THE CRYSTALS. APPLIED TO RESIDUES: B 13 .. B 133 D 13 .. D 133 M 2 .. M 6 P 1 .. P 6 SYMMETRY1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY2 1 0.000000 -1.000000 0.000000 0.00000 SYMMETRY3 1 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000

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要素

#1: タンパク質 STREPTAVIDIN


分子量: 14181.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces avidinii (バクテリア) / 参照: UniProt: P22629
#2: タンパク質・ペプチド FCHPQNT


分子量: 830.864 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.61 %
結晶化pH: 5.6 / 詳細: pH 5.6
結晶化
*PLUS
pH: 4 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
濃度: 15 mg/ml / 一般名: peptide

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 21587 / Observed criterion σ(I): 3.5 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.072
反射
*PLUS
最高解像度: 1.74 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 94347 / Rmerge(I) obs: 0.072

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
SADIEデータ削減
SAINT(SIEMENS)データ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.76→7.5 Å / σ(F): 1
詳細: CRYST1 CELL AXES CHOSEN TO CORRESPOND TO COORDINATES OF STREPTAVIDIN DEPOSITED BY WEBER ET AL. IN THE PDB (ENTRY 1PTS). THE FOLLOWING ATOMS HAD WEAK DENSITY AND OCCUPANCIES WERE REFINED: B ...詳細: CRYST1 CELL AXES CHOSEN TO CORRESPOND TO COORDINATES OF STREPTAVIDIN DEPOSITED BY WEBER ET AL. IN THE PDB (ENTRY 1PTS). THE FOLLOWING ATOMS HAD WEAK DENSITY AND OCCUPANCIES WERE REFINED: B 13, B 14, B 15 AND (NOT NAME C OR NAME O) D 13, D 14, D 15 AND (NOT NAME C OR NAME O) D 46, D 47, D 48, D 49, D 50, D 51 AND (NOT NAME C OR NAME O) B 46, B 47, B 48, B 49, B 50 AND (NOT NAME C OR NAME O) B 67, B 68 AND (NOT NAME C OR NAME O) B 53 AND (NAME NE OR NAME NH1 OR NAME NH2 OR NAME CZ) B 103 AND (NAME NE OR NAME NH1 OR NAME NH2 OR NAME CZ) D 103 AND (NAME NE OR NAME NH1 OR NAME NH2 OR NAME CZ) D 84 AND (NAME NE OR NAME NH1 OR NAME NH2 OR NAME CZ) B 116 AND (NAME CG OR NAME OR NAME OE1 OR NAME OE2) M 7, P 1, P 2, B 135 M 1 WAS NOT LOCATED OR INCLUDED IN THE MODEL. DISCRETELY DISORDERED SIDE CHAINS WHOSE OCCUPANCIES AND STRUCTURES WERE SIMULTANEOUSLY REFINED WERE B 73, D 73, B 110, D 110, B 22, D 107, D 105. B 22 IS DISORDERED BETWEEN 2 CONFORMATIONS ONE OF WHICH OCCUPIES A SIMILAR REGION OF SPACE AS A TWO-FOLD RELATED B 22. THIS DISORDER CAN NOT BE PROPERLY REFINED WITH X-PLOR. SEVERAL WATERS ARE ON OR NEAR TWO-FOLD AXES, AND CAN NOT BE PROPERLY REFINED WITH X-PLOR. BULK SOLVENT WAS REFINED.
Rfactor反射数
Rfree0.222 -
Rwork0.187 -
obs0.187 20506
原子変位パラメータBiso mean: 22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→7.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2446 0 0 477 2923
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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