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- PDB-1skv: Crystal Structure of D-63 from Sulfolobus Spindle Virus 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1skv
タイトルCrystal Structure of D-63 from Sulfolobus Spindle Virus 1
要素Hypothetical 7.5 kDa protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Sulfolobus Spindle Virus / SSV / Archaeal / Crenarchaeal / Helix-Turn-Helix / Four Helix Bundle
機能・相同性Hypothetical protein D-63 / : / Sulfolobus spindle-shape virus 1, protein D-63 / Helix hairpin bin / Helix hairpin bin domain superfamily / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Protein D-63
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus virus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kraft, P. / Kummel, D. / Oeckinghaus, A. / Gauss, G.H. / Wiedenheft, B. / Young, M. / Lawrence, C.M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2004
タイトル: Structure of d-63 from sulfolobus spindle-shaped virus 1: surface properties of the dimeric four-helix bundle suggest an adaptor protein function
著者: Kraft, P. / Oeckinghaus, A. / Gauss, G.H. / Wiedenheft, B. / Young, M. / Lawrence, C.M.
履歴
登録2004年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical 7.5 kDa protein
B: Hypothetical 7.5 kDa protein
C: Hypothetical 7.5 kDa protein
D: Hypothetical 7.5 kDa protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6104
ポリマ－33,6104
非ポリマー00
水18010
1
A: Hypothetical 7.5 kDa protein
B: Hypothetical 7.5 kDa protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8052
ポリマ－16,8052
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area7880 Å2
手法PISA
2
C: Hypothetical 7.5 kDa protein
D: Hypothetical 7.5 kDa protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8052
ポリマ－16,8052
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area7020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.650, 110.650, 47.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62
詳細The biological assembly is the AB dimer / The biological assembly is the CD dimer

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要素

#1: タンパク質
Hypothetical 7.5 kDa protein / ORF D-63


分子量: 8402.422 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus virus 1 (ウイルス) / 属: Fusellovirus / 遺伝子: D-63 / プラスミド: pDest14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P20215
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: Ammonium Sulfate, ammonium acetate, PEG 4000, NaCl, Tris, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.9778, 0.9787, 0.9789
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月16日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97781
20.97871
30.97891
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 10225 / Num. obs: 10095 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): -1.5 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 42
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.212 / Mean I/σ(I) obs: 9 / Num. unique all: 1121 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
REFMAC5.1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→15 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2695 490 -random
Rwork0.2222 ---
all0.2245 9704 --
obs0.2245 9704 98.89 %-
原子変位パラメータBiso mean: 58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.05 Å21.05 Å2-1.57 Å2
2--0.52 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
ObsFree
Luzzati coordinate error0.654 Å-
Luzzati sigma a0.212 Å0.326 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2006 0 0 10 2016
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.534
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.016

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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